赖江山的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/laijiangshan 生态、统计与R语言

博文

R语言在光合作用研究当中的应用分析(Functional Plant Biology)

已有 1015 次阅读 2021-12-13 08:48 |系统分类:科研笔记

R语言在光合作用研究当中的应用分析

                          Yasi Liu, Xiangping Wang , Dayong Fan*, Jiangshan Lai*

                                                               https://www.publish.csiro.au/fp/FP21102

光合作用研究正进入大数据时代,许多统计软件和编程语言已经成为光合作用研究中常见的分析工具。编写代码处理数据已经成为很多光合作用学者日常的工作之一。近年来,R语言以其灵活、开源、易于掌握、免费等诸多优点,在光合作用研究各领域迅速传播并赢得广大研究者的青睐。为了研究R语言在光合作用研究论文里面使用情况,我们通过逐篇查阅的方式,分析近10年来(2010-201994种影响因子2.5以上、标题包含光合作用SCI刊物的2966篇研究论文(不包括综述)使用R语言作为数据分析工具的情况。结果表明,光合作用研究论文使用R语言作为数据分析工具的比例从20103.6%线性增加到201912.5%(图1),说明近十年来,光合作用研究者越来越倾向于使用R语言进行数据分析。以10年总发文量最多的文章来看,Plant, Cell and Environment最高,达到14.1%,其他拥有较高R语言使用比例的刊物还有Journal of Experimental Botany10.5%), Frontiers in Plant Science 7.1%), PLoS ONE5.8%Photosynthesis Research4.2%Photosynthetica1.7%)等。六个刊物中,R语言使用比例越高的刊物具有更高的影响因子(IF数据取自2020年),相关性显著。

1  94种标题包含光合作用SCI刊物(IF>2.52010-2019年所发表研究论文使用R语言比例总体变化趋势(基于2966篇文献研究结果,置信区间为95% 

在这近三千篇被调查研究论文中,总共有109R程序包被使用。此外,R-site search网站(http://finzi.psych.upenn.edu/nmz.html)还展示了另外37个与光合作用相关的R程序包,共计140个包。为了继续探索R程序包如何解决与光合作用相关的特定问题,我们详细记录了每个出现的R程序包及其函数的功能,根据实际用途分为三类:一般统计和作图包(G类,50.0%),光合作用专用包(S24.3%)和遗传进化专用包(E类,22.1%)。这意味着四分之一的研究人员,更倾向于在光合作用研究中使用R语言的专门分析包。

140R程序包中,使用频次最多5个包(stats包除外)是nlme(G), lme4(G), multcomp(G), plantecophys(S)ape(E)(图2)。使用频次最多的stats(G)R的默认基础包,一些文章可能没有明确引用此包,因此不参与比较。

2  94种标题包含光合作用SCI刊物(IF>2.5)从2010-2019年所发表研究论文使用R程序包使用频次排位

G 类和 S 类的R程序包虽然具有不同的功能,但可能为拟合模型曲线等问题提供相同的解决方案。一些R包可以用来拟合常用的光合作用模型(表1,仅展示以光合作用专用包为主的R包)。

用于拟合10种主要光合作用模型的R程序包

image.png

R语言深受光合作用研究者的青睐的原因很多,主要有资源丰富、免费开源和容易获得相关分析代码等因素。在Photosynthesis Research刊物中,R语言在近十年的使用频率与其它主要的编程语言/应用程序相比,增加趋势更为明显、稳定(图3)。这说明R 在解决光合作用问题方面具有前所未有的潜力。因此,我们积极鼓励更多的光合作用研究人员使用 R 语言或积极开发 R 程序包供同行将来使用。

3  2010-2020Photosynthesis Research刊物上主要编程语言/应用程序的使用频率趋势

本论文研究结果已经由刊物Functional Plant Biology202110月份以论文“The use of R in photosynthesis research”在线刊出https://doi.org/10.1071/FP21102。欢迎大家引用!

 

FP21102.pdf





https://blog.sciencenet.cn/blog-267448-1316315.html

上一篇:用unique去掉重复的列的用法
下一篇:R里面save(对象1,对象2..., file="文件名.Rdata")这命令一定要习惯常用

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2022-5-18 20:16

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部