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生物信息| 非编码RNA| 其他| 软件| 网站| python| 每日文章导读|

为什么上传GEO前需要校验fastq文件正确性，并使用md5值验证文件完整性？: 陈明杰 2023-3-5 10:58; GEO数据库 Gene Expression Omnibus （ GEO ）是美国 NCBI 开发的一个大型综合数据库，它存储了超过 500 万个样品的芯片 / 测序原始数据文件。因为数据一般可公开获得且免费使用，所以 GEO 已经成为生物医学研究者最喜爱的网站之一。芯片或 / 和测序原始数据上传 GEO ，分配 GEO 号，以保证数据的 ...; 600 次阅读|没有评论

使用ChIPSeeker进行ChIP-seq， ATAC-seq，cut&tag等富集峰的基因组注释: 陈明杰 2023-2-28 15:17; 二代测序产生的数据类型常规的下一代高通量测序（ next generation sequencing, NGS ）实验通常产生大量短片段 (reads) ，通常我们需要将这些 reads 比对到参考基因组 / 转录组上，即将它们置于生物学上有意义的基因背景下，才能获得有意义的结果。一般我们认为会产生两种类型的数据（当然两者并无严格意义 ...; 1037 次阅读|没有评论

如何判断bam文件是单端还是双端？: 陈明杰 2023-2-7 21:05; 1，进入R，安装Rsamtools BiocManager::install(“Rsamtools”) 2，载入Rsamtools包 library(Rsamtools) 3，读取bam文件 testPairedEndBam(test.bam) 4，返回结果若返回TRUE，则test.bam为双端；返回FALSE，则test.bam为单端 ...; 789 次阅读|没有评论

如何查找“铁代谢”相关的基因？: 陈明杰 2023-2-3 01:15; 铁（ iron）是人体必需的微量元素，存在于所有细胞中。除红细胞生成外，铁还参与各种生理和病理过程，例如氧气运输和储存、线粒体功能和免疫系统（Crielaard等，2017）。铁缺乏（ i ron deficiency ）是一种常见的营养障碍（缺铁性贫血），影响全球约 1/3 的人（ Stoltzfus等，2001）。铁缺乏将会影响细 ...; 1292 次阅读|没有评论

将GO、Pathway富集结果整合在一张高颜值圆圈图上: 陈明杰 2023-1-12 16:49; 富集分析是生物医学论文中非常常见的一类分析，例如G O 富集分析，Pathway富集分析等。其结果一般包括以下几个要素：1，名字（G O term或者K EGG description ）；2，该名字所包含的基因数目；3，该名字所包含的基因与进行富集分析的输入基因的重叠数目；4，富集的P值、F DR 值等。富集结果的常见绘图方式包括： ...; 1083 次阅读|没有评论

在线计算lncRNA-mRNA共表达相关系数，并使用cytoscape绘制共表达网络图: 陈明杰 2022-12-27 21:08; 长链非编码 R NA(L ong noncoding RNA )是一类长度大于2 00 nt，不编码蛋白质的R NA 。 L ncRNA的功能多样，如图1所示，A：充当蛋白质和染色质的连接因子，引起染色质重构（chro matin remodeling ）； B：充当miRNA海绵；C：充当“sca ffold ”脚手架；D：与转录因子结合，引起转录激活；E： ...; 1233 次阅读|没有评论

免费在线绘制高颜值，带填充的连贯堆叠柱状图: 陈明杰 2022-12-20 09:42; 堆叠柱状图是我们日常工作中经常使用的一类图形。然而当分类较多时，堆叠柱状图看起来不是那么清晰，通过添加额外的连线，可以增加堆叠柱状图的颜值，给人一种连贯的感觉，并且能够更好地观察数据比例的变化。图1. 堆叠柱状图（带填充）如图 1所示，这里展示了5个样品的m 6 A 甲基 ...; 640 次阅读|没有评论

【CELL】compass利用单细胞转录组+流平衡分析预测细胞代谢状态，促进免疫细胞代谢研究: 陈明杰 2022-12-14 20:36; 细胞代谢调控正常细胞功能以及多种疾病状态的病理生理。最近，免疫细胞代谢研究（ immunometabolism ）成为一个研究热点，揭示了包括抗病毒免疫、自身免疫和抗肿瘤反应在内的炎症代谢调节。然而，由于代谢网络的规模和复杂性，某个代谢的扰动（ perturbation ）能够产生级联效应 (cascade effects) 并改变代谢网络中 ...; 1186 次阅读|没有评论

在线绘制富集分析多组气泡图和单细胞分析marker基因矩阵气泡图: 陈明杰 2022-12-9 00:30; 常规的 G O 或者 K EGG 通路富集分析结果通常以气泡图的形式展示，然而这个气泡图仅仅是一个比较的结果，如果想在一张图上展示多个比较的结果，就需要用到多组气泡图（图 1，左侧）。单细胞 R NA-seq 分析结果中，矩阵形式的气泡图可以很好地展示 marker基因（X轴）在不同cluster（Y轴）中的表达 ...; 844 次阅读|没有评论

使用reshape2 R包进行在线长数据和宽数据相互转化: 陈明杰 2022-12-6 21:29; 数据是数据分析的基础。我们常见的数据一般存储在excel表格，或者txt文档中。今天我们来看看长数据和宽数据，以及如何进行两者之间的相互转换。 1．宽数据和长数据宽数据如图1所示，宽数据是我们最常见的数据存储形式，其中行是基因，列是样品，行和列的交叉点，就是某个基因在某个样 ...; 1464 次阅读|没有评论

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