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[转载]项目文章:涡虫前后轴m6A动态变化的探索
陈明杰 2024-1-9 23:42
涡虫( Planarians )是扁形动物门( Platyhelminthes )涡虫纲( Turbellaria )的一类生物。它们大多是淡水生物,也有一些海水和湿润陆地环境中的种类。涡虫因其在实验室研究中显示出的非凡的再生能力而被广泛研究。 ...
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微生信 -- 0代码科研绘图,助力发高分文章
陈明杰 2023-12-29 13:48
1 ,粘贴数据,一键出图 www.bioinformatics.com.cn 微生信云平台以 220 多款 在线绘图、分析模块为基础,致力于 0 代码在线分析数据, 0 代码在线绘制科研图片。让不会编写代码的科研工作者,贴贴数据,点点鼠标就能够进行数据分析和科研绘图,沉浸在数据分析和绘图所带来的便捷和喜悦中,助力发文章 ...
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NCBI GEO王炸:GEO2R直接分析RNA-seq数据,几家欢喜几家愁?
陈明杰 2023-7-15 11:56
GEO2R 是 NCBI GEO 团队针对上传到 GEO 的芯片数据开发的一款在线差异分析、可视化作图工具,是广大数据分析人员的福音。然而,一直以来 GEO2R 仅针对芯片数据,对于越来越多的测序数据,只能下载所上传的 matrix 矩阵,进行分析,若没有上传表达矩阵,或者基因组版本不合适的话,往往还得下载原始数据重新分析,耗时耗力 ...
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微生信云平台注册用户突破100000
陈明杰 2023-7-2 00:04
微生信平台后台显示注册用户已突破 100000 。些许欣喜,些许担当。 1 ,粘贴数据,一键出图 微生信云平台以 200 多款在线绘图、分析模块为基础,致力于 0 代码在线分析数据, 0 代码在线绘制科研图片。让不会编写代码的科研工作者,贴贴数据,点点鼠标就能够进行数据分析和科研绘图,沉浸在数 ...
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根据蛋白质序列,计算其分子量(molecular weight),在线工具,原理和python代码
陈明杰 2023-6-26 23:11
蛋白质分子量 蛋白质是由许多氨基酸残基通过肽键(一个氨基酸的 α- 羧基与另一个氨基酸的 α- 氨基脱水缩合形成的化学键)连接而成。蛋白质的分子量( molecular weight )为各个氨基酸的分子量之和,是蛋白质的重要理化参数。单位为 Dalton ( 道 尔顿,缩写 Da ,或 D ),定义为碳 12 原子质量 ...
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同样都是鸾尾花iris数据,为什么PCA图相反?
陈明杰 2023-6-20 11:23
PCA 简介 主成分分析( principle component analysis )是一种线性降维方法。它利用正交变换对一系列可能相关的变量的观测值进行线性变换,从而投影为一系列线性不相关变量的值,这些不相关变量称为主成分( Principal Components )。 PCA 是一种对数据进行简化分析的技术,可以有效地找出数据 ...
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为什么上传GEO前需要校验fastq文件正确性,并使用md5值验证文件完整性?
陈明杰 2023-3-5 10:58
GEO数据库 Gene Expression Omnibus ( GEO )是美国 NCBI 开发的一个大型综合数据库,它存储了超过 500 万个样品的芯片 / 测序原始数据文件。因为数据一般可公开获得且免费使用,所以 GEO 已经成为生物医学研究者最喜爱的网站之一。芯片或 / 和测序原始数据上传 GEO ,分配 GEO 号,以保证数据的 ...
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使用ChIPSeeker进行ChIP-seq, ATAC-seq,cut&tag等富集峰的基因组注释
陈明杰 2023-2-28 15:17
二代测序产生的数据类型 常规的下一代高通量测序( next generation sequencing, NGS )实验通常产生大量短片段 (reads) ,通常我们需要将这些 reads 比对到参考基因组 / 转录组上,即将它们置于生物学上有意义的基因背景下,才能获得有意义的结果。一般我们认为会产生两种类型的数据(当然两者并无严格意义 ...
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如何判断bam文件是单端还是双端?
陈明杰 2023-2-7 21:05
1,进入R,安装Rsamtools BiocManager::install(“Rsamtools”) 2,载入Rsamtools包 library(Rsamtools) 3,读取bam文件 testPairedEndBam(test.bam) 4,返回结果 若返回TRUE,则test.bam为双端;返回FALSE,则test.bam为单端 ...
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如何查找“铁代谢”相关的基因?
陈明杰 2023-2-3 01:15
铁( iron)是人体必需的微量元素,存在于所有细胞中。除红细胞生成外,铁还参与各种生理和病理过程,例如氧气运输和储存、线粒体功能和免疫系统(Crielaard等,2017)。 铁缺乏( i ron deficiency )是一种常见的营养障碍(缺铁性贫血),影响全球约 1/3 的人( Stoltzfus等,2001)。铁缺乏将会影响细 ...
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