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导读:
Nature同款、高颜值富集分析结果条形图,将富集名字标注在条形上,并在条形的下面添加一行基因名。既能节省空间,又能展示更多维度的信息。
Nature文章《CHIT1-positive microglia drive motor neuron ageing in the primate spinal cord》中的富集结果条形图。该图展示了猴脊髓单核测序结果中,小胶质细胞2(microglia 2)和小胶质细胞3(microglia 3)的top50 marker基因的GO富集分析结果。X轴表示-log10(p),Y轴表示富集条目,蓝色表示小胶质细胞2的富集结果,红色表示小胶质细胞3的富集结果。条形的长度对应-log10(p)。此图创新性地在条形的下面展示了每个条目中包含的基因。颜色,布局,创意等,都值得我们学习和借鉴。
用简单的图,直观地展示结果,让读者一眼就能看出作者要表达的意思,大道至简。
1,打开作图URL
https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_go_kegg_enrichment_hbar_with_genes_250
2,示例数据
点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。
示例数据是常规的富集分析结果,包括4列:
第1列:分组,表示富集结果的来源。例如BP/CC/MF/KEGG,或者不同的比较,不同的细胞群等
第2列:term名。如果名字过长,会影响图片美观度,此时建议简写或者缩写
第3列:pvalue,或者FDR,p.adj等,不能为0
第4列:/分割的基因。结果图中替换成了逗号分割
3,输入检查
注意:输入数据应当根据第1列分组,分块按照p值从小到大排序后,再作图。例如BP的放一块,CC的放一块。不要BP中间插个CC。
示例数据:点击输入框下面的“示例”按钮,将载入示例数据。
真实数据:数据放在excel中,调整好后,Ctrl+A选中数据,Ctrl+C拷贝,Ctrl+V粘贴数据到输入框中。
然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过,请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤,直到检查通过(如下图所示),然后可以继续选择参数。
注:输入检查是新加功能,它会根据不同模块的输入要求,逐行逐列检查输入数据,并给出提示,确保数据符合模块要求。
4,选择参数
图片大小:图片宽度,图片高度
条形高度:水平颜色条的高度
X轴刻度字体大小:控制X轴上数字刻度的字体
轴说明文字字体大小:控制X轴-log10(p)和Y轴不同分组的字体
Term文字字体大小:控制颜色条上标注的Term的文字字体
条形下方基因字体大小:控制条形下面基因名的字体,默认为斜体
颜色:设置了6种颜色(最多可以绘制6组富集结果),按照数据中第一列的顺序指定颜色。颜色覆盖了条形的颜色,基因名的颜色,以及Y轴组名的颜色。
是否在条形下方添加基因选项:选择添加则如例图所示,选择不添加则仅显示条形,不显示基因名。
字体:设置了期刊杂志中最常用的两种:Times New Roman和Arial。如需使用其他字体,可以使用acrobat illustrator编辑生成的pdf或者svg图片
5,提交出图
检查通过,并且参数选好后,点击“提交”按钮,约3s后,会在页面上呈现富集结果图片。我们提供了pdf、svg两种矢量图,png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图,进行组图,调整字体等操作,以满足论文要求。
不带基因名的示例如下
提示:在实际绘图中,需要根据富集条目的多少,调整图片的高度,条形的高度,以及term文字字体大小,基因名字体大小等,避免基因名和条形重叠、挤压,以获得更加完美的结果图片。
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GMT+8, 2024-10-10 06:27
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