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R| 遗传评估| 序列编辑| 其它|

晒书: 郭军 2022-4-23 22:49; 今天是世界读书日，近期购买了几本英文书籍，立个flag，年底前读完！; 2017 次阅读|没有评论

Endnote使用小技巧：如何导入ISI引用次数: 郭军 2021-4-6 20:20; Web of Science对科研人员很贴心，不仅提供期刊影响因子，还可以查到文献被引次数（Times of Cited）。引用次数越多，文献参考价值越大。今天下午，我准备写一篇GWAS综述。首先，我在Web of Science查找参考文献，将其导入endnote后，发现无法显示引用次数。立马上必应和谷歌寻找解决办法。照着网上的方法，部分文献成功 ...; 个人分类: 其它|5439 次阅读|没有评论

Endnote:在 (author,year）与author（year）之间自由转换: 郭军 2017-11-24 10:03; 好久没发博文了，今天来除草写文章时，如果主语是引用文献作者，期刊编辑一般要求是作者（年）格式，如“ Ragognetti etal. (2015 ) found that the heritability of tibia length was .....而不是“ Ragognetti et al. found that the heritability 。。。(Ragognetti et al. 2015) ”。问题是 ...; 个人分类: 其它|5633 次阅读|没有评论

计算蛋总重: 郭军 2017-1-19 14:29; 计算蛋总重(egg mass)是一项耗时费力的工作，需要每周平均蛋重(egg weight or egg size)乘以周产蛋数，然后累加。本文介绍两个小技巧，用于蛋总重计算。 1. 内插法补齐缺失记录，或者预测新插点数值。完美生产记录可遇而不可求。有的个体缺失蛋重记录，有时缺少整周蛋重记录。对于这些只有产蛋记录的个体，可 ...; 个人分类: 遗传评估|4700 次阅读|没有评论

畜禽遗传评估(3)显性遗传效应: 郭军 2016-11-21 20:59; 剖分显性遗传效应的意义在于：A.准确估计遗传力。部分显性遗传效应混杂于加性遗传方差之中，影响遗传参数估计及育种值排序。B. 利于配套系选育。如果性状的显性效应利于产品升值，比如蛋鸡的蛋重，可以放在父系选育。这样，不仅节约生产成本，商品代蛋重也得到改善。畜禽育种规划传统方法通常只考虑加性遗传效应，因为加 ...; 个人分类: 遗传评估|4294 次阅读|没有评论

利用plink转换AGCT为1234: 郭军 2016-11-19 11:49; 我的博文主要是分享一些数据处理技巧，并非真正的知识。等到有了大块时间，再与大家共享值得记忆的知识。做GWAS分析时，多需要haploview 获取linkage disequilibrium参数。这是一项烦躁的工作，需要将AGCT逐个替换成1234。偶然间，发现plink有一个命令可以直接转换输出序列为1234格式。这个命令就是【--allele1 ...; 个人分类: 序列编辑|3623 次阅读|没有评论

Genbank 批量查找snp信息: 郭军 2016-10-31 14:39; 最近忙于GWAS结果整理，茶饭吃起来都不香。屋漏偏逢连夜雨，Genbank偏偏把鸡基因组数据更新到5.0，要知道 Affymetrix给我的可是4.0版数据。为了方便读者，我的文章应提供基于5.0版的结果。好在我利用半天时间找到ncbi提供的批量转换snp入口： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/batchquery.html 页面最下端不显 ...; 个人分类: 序列编辑|5037 次阅读|没有评论

畜禽遗传评估(2)母体遗传效应: 郭军 2016-10-6 10:33; 畜禽一些重要经济性状，比如体重，受母本遗传效应影响。母体遗传方差占比较小，然而如果不将其从表型方差中剖分，会导致加性遗传方差估值偏高，进而影响育种值排序。解析母体遗传效应的模型比较简单，唯一值得考虑的是母体遗传与加性遗传是否存在协方差。有的学者认为，两者之间的协方差是统计误差或群体层化，可以忽 ...; 个人分类: 遗传评估|3472 次阅读|没有评论

畜禽遗传评估(1)两性状随机回归模型: 郭军 2016-9-20 16:05; 有些性状可以重复测量，例如身高，可以每隔半年测一次，也可以每天测一次，只要你不嫌烦这类多次测量的性状称为动态性状，也称经向性状（longitudinal traits）。动态性状在统计处理时以自身为对照，利于减少环境误差、提高统计效率（power）。畜禽遗传评估时经常遇到动态性状，例如奶牛产奶量、蛋鸡产蛋数、山羊绒长度、 ...; 个人分类: 遗传评估|3036 次阅读|没有评论

R: 遗传相关系数: 郭军 2016-9-14 14:26; 【cov2cor】,以前用过这个命令，今天想用时忘记了，把R和matlib折腾半天，没有结果只好在excel手动计算，太费事。网上搜索，在wiki重新得到这个命令。顺便鄙视baidu，太垃圾，还是google好。; 个人分类: R|2761 次阅读|没有评论

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