smileleaf的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/smileleaf

博文

利用plink转换AGCT为1234

已有 3164 次阅读 2016-11-19 11:49 |个人分类:序列编辑|系统分类:科研笔记| GWAS, plink

我的博文主要是分享一些数据处理技巧,并非真正的知识。等到有了大块时间,再与大家共享值得记忆的知识。

做GWAS分析时,多需要haploview 获取linkage disequilibrium参数。这是一项烦躁的工作,需要将AGCT逐个替换成1234。偶然间,发现plink有一个命令可以直接转换输出序列为1234格式。

这个命令就是  【--allele1234】,真好!




https://blog.sciencenet.cn/blog-522896-1015621.html

上一篇:Genbank 批量查找snp信息
下一篇:畜禽遗传评估(3)显性遗传效应
收藏 IP: 112.84.160.*| 热度|

1 朱晓刚

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-20 07:07

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部