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[转载]简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析
张洪磊 2019-8-20 15:02
参考自 http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/113 简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析,主要也是用于RNA-Seq数据,同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。 这两个都属于R包,其相同点在于都是对c ...
个人分类: 项目专题|3499 次阅读|没有评论
maftools 找不到对象\'Variant_Classification\'
张洪磊 2019-6-12 10:54
require(maftools) 载入需要的程辑包:maftools Registered S3 methods overwritten by 'ggplot2': method from [.quosures rlang c.quosures rlang print.quosures rlang ...
个人分类: 全外显子项目|3317 次阅读|没有评论
Docker的ubuntu镜像安装的容器无ifconfig和ping命令的解决
张洪磊 2019-4-1 15:02
Docker的Ubuntu镜像安装的容器无ifconfig命令和ping命令 解决: apt-get update(这一步必须) sudo apt-get install net-tools # ifconfig sudo apt-get install iputils-ping # ping 亲测可行!
个人分类: 知识点专题|3612 次阅读|没有评论
安装Ubuntu 18.04.2 LTS流程
张洪磊 2019-4-1 14:22
1. 下载Ubuntu 18.04.2 LTS from https://www.ubuntu.com/download/server ; 2. 下载Rufus 制作启动盘。注意:usb installer不可行; 3. 制作启动盘 参考: https://jingyan.baidu.com/article/ce4366494448fd3773afd306.html ; 4. thinkpad (别的机型自行摸索)开机时按F1,先进BIOS; 5. 选Startup项,然后选BOOT ...
个人分类: 知识点专题|2634 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-14-annovar_to_maftools
张洪磊 2019-3-27 17:15
#!/usr/bin/bash purpuse:combineannovarresultsandconvertittoMAFtoolsformat #combination infolder=/home/zhanghl/data_3/workshop/yelianhua/wes/annovar_result outfolder=/home/zhanghl/data_3/workshop/yelianhua/wes/annovar_result ...
个人分类: 全外显子项目|3863 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-13-table_annovar
张洪磊 2019-3-25 21:43
#purpose:re-annotateVCFwithtable_annovar.pl perlannotate_variation.pl-buildverhg19-downdb-webfromannovarrefGenehumandb/ perlannotate_variation.pl-buildverhg19-downdbcytoBandhumandb/ ...
个人分类: 全外显子项目|3103 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-12-Control-Freec
张洪磊 2019-3-23 15:56
#!/usr/bin/bash #Control-Freec既可以检测拷贝数变异CNV,还可以分析杂合性缺失LOH。官网如下 #http://boevalab.com/FREEC/ #https://www.jianshu.com/p/122cc5b4ca46 #简书https://www.jianshu.com/p/122cc5b4ca46 #官网+作图http://boevalab.com/FREEC/tutorial.html#GCP #第一步安装 https://g ...
个人分类: 全外显子项目|7331 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-11-Mutect2
张洪磊 2019-3-23 15:45
#!/usr/bin/bash #purpose:identifySNVandInDelsfrompairedtumorandnormalsamples #setenv work_dir=/home/zhanghl/data_3/workshop/practice1_ovary reference=/home/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_glk_v37/human_b37_bundle/human_g1 ...
个人分类: 全外显子项目|3962 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-10-depth_and_coverage_bedtools
张洪磊 2019-3-23 11:28
#!/bin/bash #purpose:bam2bedGraph统计每个碱基的depth,并利用bedtools求overlappedregion。 #setenv bam_dir= cd$bam_dir#bam文件所在位置 ls*.sorted.dedup.recal.bambam.list probes_bed=truseq-exome-targeted-regions-manifest-v ...
个人分类: 全外显子项目|3021 次阅读|没有评论
全外显子组生信分析流程-9-depth_and_coverage_samtools_flagstat
张洪磊 2019-3-23 11:27
#!/bin/bash #purpose:statisticanalysisofmappingreads #sevenv bam_dir= cd$bam_dir#bam文件所在位置 ls*.sorted.dedup.bambam.list #samtoolsflagstat foriin$(catbam.list) do&nb ...
个人分类: 全外显子项目|2406 次阅读|没有评论

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