#! /bin/bash

#purpose: statistic analysis of mapping reads
#sev env
bam_dir=""
cd $bam_dir  #bam文件所在位置
ls *.sorted.dedup.bam > bam.list

#samtools flagstat
for i in $(cat bam.list)
do 
  printf $i >> bam.mappedreads
  samtools flagstat $i | sed -n '5p'  >> bam.mappedreads
done

#samtools idxstats
for i in $(cat bam.list)
do
  export total_reads=$(samtools idxstats $bam_dir/$i |awk -F '\t' '{s+=$3}END{print s}')
  echo $i number_of_reads $total_reads
done