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CAPRI比赛,我们和世界的差距还有多远? 精选

已有 8315 次阅读 2013-6-14 03:08 |系统分类:观点评述

  CAPRI(Critical Assessment of PRediction of Interactions)这个名字对国内很多研究小组可能都还比较陌生。但说起另外一些名词大家可能就会熟悉一些,如“分子对接”,“药物设计”。的确,国内现在生物医药迅猛发展,各个城市都把生物医药作为战略发展方向,药物设计相关的研究也就炙手可热。药物设计很重要不必多说,那如何进行设计,或者说药物设计有没有好的方法呢?实际上,分子对接就是药物设计的重要方法之一,特别是在药物筛选和改造上,对实验有着重要的指导价值。至于这种方法准确不准确,就需要进行科学的测评了,那么,CAPRI就是对分子对接方法进行评价和检测的这样一个国际性竞赛。

   国内研究药物设计的小组很多,也广泛使用分子对接这一手段,但真正研究分子对接方法的小组却屈指可数。至于方法好坏如何,从CAPRI近两轮的评估,也许我们可见一斑。CAPRI的官网上一般只做单次比赛的排名,但实际上每轮评估都有多次比赛,一次结果较好不能说明问题,也许是手气好碰中了,多次综合表现好才可能有真正的核心技术。我不很明白为什么CAPRI不像蛋白质折叠比赛CASP一样做官方评价,可能是比较淡薄名利吧。好在还是有一些非官方的统计,我们可以作为参考。2010年的评估结果可以见:http://rosettadesigngroup.com/blog/535/capri-state-of-protein-protein-docking/,前几名的小组分别是:

中国名字还是挺多的,遗憾的是都在国外,除了打分比赛第5名是我当时PHD的导师北京工业大学的王存新教授。

最新一轮也就是2013年的评估也可以找到一个非官方的:http://web.mit.edu/sheny/capri.html,前几的名次是:

里面的中国名字也是在美国的研究课题组,而中国的学校没有进入前20名的。

   我们中国人是善于山寨的,为什么会在这样的比赛中成绩不太理想呢?原因很简单,由于涉及核心技术,这些研究软件大多是不公开源码的。技术的细节不想多讨论,只想说,当我们在重视生物医药的同时,一些核心技术的掌握不容忽视。如果我们只会使用人家开发好的工具,也许我们也能发表论文,也能完成课题,但和世界的距离也许会越来越远。



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