做磷酸化组学或其他修饰组学分析时，会获得一张位点表格：哪个蛋白、哪个氨基酸发生修饰、实验组变化多少等。接下来需要检查这个位点是否有报道过？它落在结构域，还是无序区？不同数据库为什么给出不同的记录？

ProteomeScout 将多个来源的翻译后修饰和蛋白注释放到同一条序列坐标上，以轨道（tracks）的形式查看位点在不同数据库中的注释信息。帮助我们快速了解感兴趣位点的多种PTM相关信息。

蛋白质翻译后修饰（post-translational modification，PTM）主要指蛋白残基上共价化学基团的添加、改变，或泛素、SUMO 等小蛋白的共价连接。它们能改变电荷、疏水性、空间构象，以及被其他分子识别的方式。有些修饰也可在翻译过程中发生，因此“翻译后”并不意味着都要等整条蛋白合成结束。

磷酸化可以调节酶活性，或为结合蛋白提供识别位点；乙酰化、甲基化参与染色质和蛋白互作调节；糖基化影响折叠、运输和细胞表面识别；棕榈酰化可帮助蛋白与膜结合。泛素化在特定连接方式和条件下引导蛋白降解，也参与信号传递；SUMO 化常影响定位、互作与稳定性。

打开 ProteomeScout（https://proteomescout.research.virginia.edu/），点击“ Search Proteins”，在 Protein / accession / gene 中输入 EGFR，点击 “Search”按钮，可以搜索EGFR相关的蛋白质翻译后修饰记录。

图1｜EGFR 相关的 PTMs（多个物种），结果按照PTM数从多到少排列

由于一个蛋白可能对应多个isoform（例如人 EGFR 的 P00533 与 P00533-2、P00533-3 对应不同isoform），因此后续分析时，应把物种、登录号和所用序列一并记录。

点击“Open structure”按钮，可以打开EGFR详情页。横轴是氨基酸位置，纵轴采用多个轨道显示蛋白注释。

图2｜蛋白质结构及PTM

下载

"Downloads"（https://proteomescout.research.virginia.edu/downloads）链接提供了多个物种的数据集下载。 包括牛、果蝇、人、小鼠、大鼠和酿酒酵母等。

图3｜ 下载

多库互补：整合 UniProt、PhosphoSitePlus 和 dbPTM，减少逐库查询的工作。

位点与功能区域对照：在同一序列坐标上查看 PTM、结构域、活化环和外显子。

支持批量分析：提供 TSV 下载与 Python API，方便批量注释实验位点。

数据版本可追溯：通过 Figshare 保存版本，便于复现结果。

支持本地部署与扩展：网页、API 和更新代码开源，可按需要增加数据和注释。

[1] Crowl S, Rizvi S, Campbell L, Kandoor A, Naegle KM. ProteomeScout v4: An open-source, harmonized, ecosystem for post-translational modifications. bioRxiv 预印本

[2] ProteomeScout 官方说明及版本（https://proteomescout.research.virginia.edu/about）。

[3] UniProt（https://www.uniprot.org） 

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