（本文首发于个人知乎： 把声子模式anime.ascii文件生成可以用VESTA打开的程序 - 知乎）

anime.ascii文件为Phonopy软件计算声子谱时生成的振动模式文件，它可以被V_SIM软件(https://l_sim.gitlab.io/v_sim/)打开，但是V_SIM显示声子振动不是很美观，而且是一个动态图片，并不适合用于发表文章。下面，分享一个后处理程序，它可以把anime.ascii文件转换为可以用VESTA打开的*.vesta文件。

图 1 anime.ascii文件格式

原理：anime.ascii文件存储了原子的位置，波矢q、频率以及振动矢量。附件中的MATLAB程序可以读取anime.ascii文件中的以上信息，并在*.vesta文件中加入VECTR（矢量方向）和VECTT（矢量设置参数），从而可以矢量的方式显示声子的振动模式。

下面是MATLAB代码ascii2VESTA.m”（如果对MATLAB软件不是很熟悉，可以用人工智能软件翻译成你所熟悉的计算机语言。）

clear all;

%%%%%%%%%%%%%%读取数据 anime.ascii 

[filename,pathname]=uigetfile('*.ascii');

infile=strcat(pathname,filename);

fid1=fopen(infile,'r');

fid2=fopen('vector_tmp.dat','w');

iphonon=1;

 while ~feof(fid1)

     str = fgetl(fid1);   %读取一行  

     if   isempty(strfind(str,'metaData'))==0   

       fprintf('%d,     %s\n', iphonon, str); 

       iphonon=iphonon+1;

    else if isempty(strfind(str,'#;'))==0  %%%寻找频率

           str=regexprep(str, ';','');

           S = regexp(str, '\s+', 'split');        

           fprintf(fid2,'%s  %s  %s\n',char(S(2)), char(S(3)), char(S(4))); 

        end

     end

 end

 vector_tmp=load('vector_tmp.dat');

 [m,n]=size(vector_tmp);

 natom=sqrt(m/3);

 model_vector=zeros(natom, 3,natom*3);

 k=0;

 for i=1:3*natom   % number of Phonon model

     for j=1:natom

         k=k+1;

         model_vector(j,:,i)=vector_tmp(k,:);

     end

 end

%%%%%%%%%%%%%%%%读取vesta文件，并写一个新的VESTA文件

[filename,pathname]=uigetfile('*.vesta');

infileVESTA=strcat(pathname,filename);

for i=1:natom*3   % number of Phonon model

 outVESTA=strcat('VESTAphonon-',num2str(i), '.vesta');

  fid3=fopen(infileVESTA,'r');

  fid4=fopen(outVESTA,'w');

 %%%%%%%%%write the VESTA file head befor VECTT%%%%%%%%%%

 while ~feof(fid3)

     str = fgetl(fid3);   %读取一行  

     if  ~isempty(regexp(str, 'VECTR')) % contains(str, 'VECTR')

         break;

     end

      fprintf(fid4,'%s \n',str); % write to the outVESTA file

 end

%%%%%%%%%write the vector%%%%%%%%%%

   Phonon_model=model_vector(:,:,i);

   Phonon_model_new=2.0*Phonon_model/abs(max(max(Phonon_model)));

   [n_model,n]=size(Phonon_model_new);

  fprintf(fid4,'VECTR    \n');

  for i =1:n_model

   fprintf(fid4,' %d  %f  %f %f  \n', i, Phonon_model_new(i,:) );

    fprintf(fid4,' %d 0  0  0  0 \n', i);

   fprintf(fid4,' 0 0 0 0 0 \n');

  end

  fprintf(fid4,' 0 0 0 0 0 \n');

  fprintf(fid4,'VECTT    \n');

for i =1:n_model

    fprintf(fid4,' %d 0.40 255   0  0 0 \n', i);  % 0  0 0 or 0  0 1 

end

  fprintf(fid4,' 0 0 0 0 0 \n');

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%%%%%write the VESTA file tail after VECTT%%%%

 fid3=fopen(infileVESTA,'r');

 startReading = false;

 while ~feof(fid3)

     str = fgetl(fid3);   %读取一行  

     if  ~isempty(regexp(str, 'SPLAN')) 

          startReading = true;

     end

     if startReading

        fprintf(fid4,'%s \n',str);

     end

 end

 fclose(fid4);

end % end i 

 fclose(fid1);  fclose(fid2);  fclose(fid3);  

 delete('vector_tmp.dat');

步骤：

1. 用VESTA打开一个结构文件（例如POSCAR、CONTAR或者cif），并保存为一个VASTA文件。后面，我们就以此文件为模版，生成声子振动模式文件。

图 2 把结构文件保存为*.vesta文件

2. 打开“ascii2VESTA.m”的MATLAB文件，并运行。按照弹出的对话框分别选择anime.ascii文件和*.vesta文件。

3. 运行程序后，会生成3n个VESTAphonon-**.vesta文件（n为原胞内原子数），并用VESTA软件打开即可，如下图所示。其中**表示的第多少个声子谱。

图 3 生成的VESTA文件