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QE+ElaStic使用说明

已有 3707 次阅读 2021-6-17 18:28 |个人分类:Quantum Espresso|系统分类:科研笔记

计算材料的弹性常数,对于计算资深老鸟,不是什么难事。把晶胞拉拉,扭扭,算一下总能。把能量差和形变差除一下,就搞定了,计算量不大,就是输入文件弄半天。计算结果对着公式再整理,也是比较烦人。对于VASP用户就比较幸福,有VASPKIT帮忙直接算这些弹性常数和模量。Quantum Espresso好像没有自带的算弹性常数的。只有带了一个ev.x可以计算体模量的。

ElaSticQE的接口,可以通过QE+ElaStic计算弹性常数和模量等力学性质。但没有中文说明,对于中文初学者不是那么方便。这几天,摸索了一下,写一个简单的使用说明,给初学者做参考。另一个重要的原因是,怕自己一段时间不用,忘了,再捡起来又要化比较多的时间。

1.下载地址:

http://exciting.wdfiles.com/local--files/elastic/ElaStic_1.1.tar.gz

写这个说明书时,这是最新的了。

 

2.安装

 

解压文件

tar xvzf ElasStic_1.1.tar.gz

 

Linux系统的账户目录下,在  .bashrc 文件中加入两行export…

export ElaSticROOT=/home/dir1/dir2/ElaStic 

#准备把ElaStic安装的绝对路径,修改dir1dir2

export PATH=$PATH:/home/dir1/dir2/ElaStic

#让系统自动找到ElaStic的可执行文件

 

在这个目录下编译SpaceGroups

     tar xfvp adon_v1_0.tar.gz

     cd SpaceGroups

     make

     cp sgroup $ElaSticROOT

 

为了分析计算结果,还要安装xmgrace

 

3.使用(QE+ElaStic

计算石墨的弹性常数和模量为例

 

1)建立计算输入结构文件

ElaStic_Setup_ESPRESSO

 

进入交互式输入模式

 

     Energy  ---=>  1          

     Stress  ---=>  2   

>>>> Please choose the method of the calculation (choose 1 or 2): 1

 

     2nd  ---=>  2          

     3rd  ---=>  3   

>>>> Please choose the order of the elastic constant (choose 2 or 3): 2

 

>>>> Please enter the name of the Quantum-ESPRESSO input file: scf.in

 

     Number and name of space group: 194 (P 63/m m c)      

     Hexagonal I structure in the Laue classification.      

     This structure has 5 independent second-order elastic constants.

 

>>>> Please enter the maximum Lagrangian strain

     The suggested value is between 0.030 and 0.150: 0.05

     The maximum Lagrangian strain is 0.05

 

>>>> Please enter the number of the distorted structures [odd number > 4]: 41

     The number of the distorted structures is 41

 

加黑加红的字体,是要输入的内容。其中三处做个说明:

1. QE输入文件,要事先做好弛豫(vc-relax),得到平衡晶格常数和原子位置。

2.形变最大值(maximum Lagrangian strain),一般取0.05就够了。取太大没意义,还可能引起错误。

3.扭曲结构数目,不要取太小。按照我的经验,一般取21。取越大越好,但取太大数值,计算时间就比较长。因为这个数值越大,计算的扭曲结构越多,自然就需要越多的时间了。

 

2)计算各种扭曲结构的能量

写了一个shell的循环脚本,放到集群或超算的脚本文件中,方便提交计算。

 

m=5  #要计算的弹性常数个数,不知道就看一下Dst0?目录,?对应最大的数。

n=41  #就是扭曲结构数目,上一步输入的。

pw_command='mpirun -np 32 /home/tylv/tool/qe/qe-6.3/bin/pw.x'   #修改成自己系统pw.x对应的可执行命令就好

 

for ((i=1;i<=$m;i=i+1))

do

 cd Dst0${i}

 for ((j=1;j<=$n;j=j+1))

 do

  if [ $j -lt 10 ]; then

   cd Dst0${i}_0${j}

  else

   cd Dst0${i}_${j}

  fi

  input=`ls | cut -d "." -f 1`

  input=${input}.in

  output=`ls | cut -d "." -f 1`

  output=${output}.out

  ${pw_command} < ${input} > ${output}                                   

  rm -rf tmp    #这个就是为了节约存储空间,删除这一行也可以

  echo ${output}

  cd ..

 done

 cd ..

done

 

3)分析计算结果

 

ElaStic_Analyze

 

这一步要用到xmgrace看图。







image.png



结合两个图片,发现:对于Dst01,形变最大值(ηmax)取0.02,拟合的多项式阶数n=4

(具体原理,看安装包自带的文章ElaStic_Paper.pdf,就是在找“平台”)

其他的几(Dst02Dst03Dst04……)个也是类似,确定ηmaxn

 

4)计算弹性常数和模量

编辑文件ElaStic_2nd.in

 

Dst01 0.02 4

Dst02 0.01 2

Dst03 0.02 6

……

 

编辑好后,执行命令

ElaStic_Result

 

5)模量说明

  上步计算得到ElaStic_2nd.out文件,要的东西都在这个文件中了。

弹性常数没什么好说的,文件里标得清清楚楚。

但是各种模量,给出了三类:VoigtReussHill

按照文章ElaStic_Paper.pdf说:

模量的极大值(Voigt),模量的极小值(Reuss

模量(Hill=Voigt+Reuss/2

 

例如:

Voigt bulk  modulus, B_V =   293.50  Gpa

Reuss bulk  modulus, B_R =    29.90  Gpa

Hill bulk  modulus,  B_H =   161.70  Gpa

 

**********************************************************************

搞了半天,其实在使用(QE+ElaStic)的第一步时,设置:

 

>>>> Please enter the maximum Lagrangian strain

     The suggested value is between 0.030 and 0.150: 0.03

     The maximum Lagrangian strain is 0.03

 

>>>> Please enter the number of the distorted structures [odd number > 4]: 11

     The number of the distorted structures is 11

 

4步编辑文件ElaStic_2nd.in,直接用

Dst01 0.03 6

Dst02 0.03 6

Dst03 0.03 6

……

 

得到的结果就可以用了。什么找“平台”,结果也没好到哪里去,费时费力。




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