精选
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相信很多人都知道,最早的预印本网站arXiv.org建于1991年,也就是35年前,是由物理学家Paul Ginsparg在美国Los Alamos国家实验室(那个原子弹研发的地方)创立。最初发表的是与创建者的背景相关的高能物理领域的论文,后来扩展到更多的理工科领域,核心则是数学、物理和计算机科学。后来又出现了预印本网站BioRxiv、ChemRxiv和MedRxiv,分别成立于2013、2017和2019年。从名字上可以看到这几家预印本网站主要针对生物学、医学和化学领域的成果发布。
预印本这种形式在近些年来的快速发展,与大家追求发表时效关系匪浅。简单说来会有几种好处:一是在具有高度竞争的领域里出现了很有意义的结果,那么用预印本可以在最少的时间内让研究成果传播出去,包括学术界乃至通过科学新闻让普通人知道;虽然在很多地方,预印本发表的成果并不被承认为业绩,但也有承认的地方。承认预印本与否的主导因素,不应该是“档次”问题(没有IF的时候有的人就不会评价了,而预印本恰恰没有IF),而是未经同行评议的预印本是否可靠,这绝对是一个见仁见智的问题。如果是已经成名的科学家的预印本,其质量大概率可以放心。二是在投稿过程中可能遇到被剽窃创意乃至前期成果,然后被怀有恶意的同行压稿/拒稿,同时自己实验室加快进度抢先发表类似内容至少是同一个小领域的研究成果。这一点即使是成名学者也难以避免,比如前些天新闻热炒的颜大院士就说过她们的工作曾被审稿人剽窃创意或恶意抢发。因此用预印本宣誓成果的主权,具有双重价值。
还有一个额外的好处是预印本对格式没有严格要求。写过论文的人都很头疼于期刊的格式要求,如果是改投则是新一轮痛苦的格式修订。说实话,内容的反复修改我没意见,那是为了准确而详实地呈现研究成果,但格式的修改则让人头大而且觉得没什么价值。比如标注文献,是角标、有无中括号、还是用作者姓名et al的方式呈现,对文章的传播价值有任何影响吗?预印本则是由网站编辑进行最低限度的审核,只要满足学界公认的文章写作的基本要求(参见我以前对期刊文章写作的公众号文章或科学网博客文章对科学写作的叙述),就可以发表成预印本,并获得文章独一无二的DOI。近年可能是为了严谨,网站上开始加注“本文未经同行评议”的字样,让读者自行考量对预印本报道成果的信心。
我介入预印本是比较晚的。一开始我的理解是,那些热点追逐领域的工作成果需要先发预印本再去投稿(而且还要考虑目标期刊对已发预印本的投稿是否接受),而我自己的工作少有这种情况,因此就没想着去发预印本。
不过,2021年我支持合作者的建议,第一次在BioRxiv上发表预印本,内容是关于紫杉烷与微管蛋白(tubulin)的共晶结构及其对结合与生物活性影响的分析。这个内容是三家实验室合作完成,对我而言印象深刻的是,第一次系统和反复探索获得共晶的过程:长晶体是在从事结构生物学的合作者实验室完成,但紫杉烷配体的提供则是我的实验室;期间经历了提高配体的亲和力、提高水溶性但仍未获得共晶的经历,最后则是发现某些配体可与微管蛋白的弯曲构象更好地结合,从而获得共晶。这些紫杉烷配体最初并不是设计用来实现这一目的的,而是为了获得微管(microtubule)或者说微管蛋白直立构象的共价结合分子。然后最后的结果则是证明这类结构修饰物并没有成为共价结合物,而是与弯曲构象更好地结合。与之相对,紫杉醇则是对直立构象也就是成型微管中而非游离的微管蛋白构象具有更好的亲和力。此文后来发表于以科学出版不断创新的Elife期刊,而且是在Elife不再拥有IF的2023年。我也在看中国究竟怎么看这个杂志,所幸中国科学院最后还是确认了Elife的一区位置,没有让IF带着自己和中国科学界一路狂奔...
第二次发预印本,或者说自己实验室为主发预印本ChemRxiv则是在2026年5月完成。这项工作的背景也有些说道:文章第一作者于2016年博士毕业,此后我多次催促TA整理这篇紫杉烷八员B环的开环和关环工作文章(这是TA学位论文的主要内容),但TA迟迟未动(很多老师会说理解[握手]);为了学校满足毕业发文拿学位的要求,自己鼓捣了一篇紫杉烷衍生物构效关系的OA期刊文章,合成相对简单,所以就这样对付过去了。此后我隔一段时间就问问,终于在毕业十年的时候,这篇文章由我和TA共同完成(文章写作我起了很大作用,而不仅仅是简单修改,所以我说“共同完成”于心无愧),其他共同作者/合作者并未参与写作,本想投一个有机化学的一区期刊(我自认有这个水准。虽然由于这名学生拒绝尝试我给TA指出的一条看起来颇有希望的B环开裂后又关环的路径,课题尚未达到最终目的,但成文也大致可行。此后又因缺乏个别化合物的少部分数据(尽管学生在学期间我一再强调要做好结构鉴定的数据,只是没有一个个去检查),而且也不可能让一作本人去补数据(重新合成不可能,样品库里也没有剩余样品了),所以只好勉强地用预印本发表。我相信这点数据的缺陷不至于影响全文(以及研究本身)的质量,但我觉得这个内容完全不发表又有点可惜,于是找到了这个折衷的办法。所以,预印本在我这里出现了第三个用途,尽管这可能只是我这种特殊情况的处理吧。
最后值得一提的是,ChemRxiv网站用taxane为关键词搜索,除了我们这篇刚上传的预印本,只有两篇预印本,分别于2019和2023年上传,一篇是与紫杉烷有生物合成近缘关系的多环体系conataxpropellene分子的合成,一篇是紫杉烷类分子的“花式合成”。这两篇预印本后来分别发表于Nature和Science期刊。我认为我们的工作没达到那个水准(我不认可高IF期刊篇篇是好文章,但从不否认NS期刊的大多数文章确实处于科研的最高水准),但能和这样的文章“挤在一起”,还是与有荣焉,于是在LinkedIn上发了一篇帖子讲述这件事。
注:本文首发于2026.5.17微信公众号“分子间的斗争”
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GMT+8, 2026-5-18 00:15
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