0 代码科研绘图，一句话出图。微生信（ https://www.bioinformatics.com.cn ）是面向生命科学、医学与多组学研究的在线分析与可视化云平台，目前提供 300+ 款在线绘图与分析模块。本 MCP Server 把这些模块开放给支持 MCP 的 AI 客户端：查模块、读数据格式、传 TSV、后台渲染、取回期刊级 png / pdf / svg / tiff 成图。

1. 基础信息

关于托管类型：本服务必须选「云端托管 / 远程服务」，不适用「仅本地可用」。

服务是常驻公网的远程端点（/mcp），全部计算与渲染在微生信服务器完成；客户端只传 TSV 与参数、接收结果链接，不需要安装 Python / R / conda，不读写本地文件；不存在 stdio 启动、本地依赖、本地算力等「仅本地可用」的判定条件。

2. 平台背景（为什么值得接入）

0 代码：粘贴数据、点几下就能出图，无需编写 R / Python 代码，也不依赖本地操作系统环境。模块覆盖广（300+）：可被论文引用：英文版SRplot已发表于PLOS ONE，引用有据可依。实际使用规模：上线 6 年多，注册用户41+ 万，累计完成作图 / 分析任务600 万次（截至 2026-10）。以 bioinformatics.com.cn 在 Google Scholar 检索约1.07万 篇文章，以「微生信」在知网检索中文科技类文献约1.08 万篇。包括Cell、Nature Biotechnology、Nature Communications等高分期刊。

3. 工具清单（当前公开 6 个）

当前对外开放 160+ 个工具，覆盖「发现 → 查格式 → 提交 → 取结果」完整闭环；后续会陆续扩充新的公开工具（如更多分析类能力）。接入方请以 tools/list 的实时返回为准，不要硬编码工具清单。

调用约束（客户端应遵守）

• 串行排队：全局单任务队列，每 5 秒最多受理 1 个新任务。返回 busy / rate_limited 表示未受理，等待后用同一个 request_id 重试。

• 不要重复提交：超时先 get_result 查原编号，不要自动换新 UUID，避免重复任务与重复扣费。

• 数据体量：单次 TSV 总量 ≤ 1 MiB。

• 模块可用性：available=false 的模块仅供介绍，不可调用 draw_plot；以 available=true 为准。

• 免费 / 收费模块：公共 Key 仅能运行免费模块（free = true，如富集气泡图 plot_basic_gopathway_enrichment_bubbleplot_081）；free = false 的模块即使 available=true 也会被拒绝，需使用站点会员 Key。接入方应在 list_modules 结果中同时检查 free 与 available。

• 只画图、不算数据：不执行上游富集 / 差异计算，输入必须是已算好的结果表（如 metascape、clusterProfiler 输出）。

4. 配置示例

配置项	必填	说明
url	是	固定 https://www.bioinformatics.com.cn/mcp
Authorization	是	微生信公共 Key wsx_sk_nq-OwgdMcnOiLhuJSiE3AtnhVtG_GnKvrM9C6Z4vHuY（仅免费模块）；缺失或失效时端点返回 401 {"error":"密钥无效或已停用"}

5. 典型使用流程

1. list_modules(keyword="富集 气泡图") → 命中 plot_basic_gopathway_enrichment_bubbleplot_081（富集气泡图，free）。

1. get_module_schema(module_id="plot_basic_gopathway_enrichment_bubbleplot_081") → 确认列顺序 term / enrichment / pvalue / count，可选第 5 列 category 触发分面；默认 6×6 英寸、Arial、trans=-log10p、配色 00FF00 → FF0000、气泡 2–6。

1. 客户端按 schema 组装 TSV。

1. draw_plot(module_id=..., data_tsv="term\tenrichment\tpvalue\tcount\n...", request_id="<UUID>", params={})。

1. get_result(request_id="<UUID>") 轮询，取回 png / pdf / svg / tiff 链接。

对话式体验：用户说「把这份富集结果画成气泡图，按 BP/CC/MF 分面」→ AI 自动完成上面 5 步，用户只看到成图。

6. 数据与隐私

• 仅接收用户主动提交的 TSV，不读取客户端本地文件、不访问用户其他数据。

• 数据仅用于当次渲染；结果与 request_id 绑定，且只对提交该任务的 Key 可见（get_result 有结果范围隔离）。

• 服务端不额外采集客户端环境信息。

7. 错误与状态

现象	含义	处理建议
401 {"error":"密钥无效或已停用"}	Key 缺失、错误或已吊销	检查 Authorization 头与 Key 状态
accepted	已入队	用 get_result 轮询，不要重提
busy / rate_limited	队列繁忙或触发 5 秒频控，未受理	等待后以同一 request_id 重试
available=false	该模块仅介绍、不可执行	换 available=true 模块

8. 上线审核信息

• 公共 Key（审核与体验直接用）：wsx_sk_nq-OwgdMcnOiLhuJSiE3AtnhVtG_GnKvrM9C6Z4vHuY

• 权限范围：仅免费模块（free = true），不含收费模块；需要全量模块请申请会员 Key；

• 说明：该 Key 为站点公开分发，可直接写入审核表单与公开文档；

• 健康检查：使用上述 Key 访问 https://www.bioinformatics.com.cn/mcp，可正常完成 initialize 与 tools/list。

• 已实测通过（2026-10-22）：

  检查项	结果
  initialize	成功，protocolVersion = 2025-03-26
  serverInfo	Weishengxin Bioinformatics Plotting / 微生信绘图，version = 1.26.0
  capabilities	tools / resources / prompts / experimental
  tools/list	成功返回 list_modules、get_faq 等 6 个工具
  未带 Key 访问	401 {"error":"密钥无效或已停用"}（鉴权生效）

• 可用性：7×24 常驻，SLA 与站点一致。

• 接口文档：https://www.bioinformatics.com.cn/mcp

• 支持渠道：站点 https://www.bioinformatics.com.cn 反馈入口。

9. 常见问题

Q：公共 Key 能画哪些图？公共 Key 仅能运行免费模块（free = true，例如富集气泡图 plot_basic_gopathway_enrichment_bubbleplot_081，per_call_points = 0）。

Q：一次能批量出多少张图？同一 Key 全局串行、每 5 秒最多受理 1 个任务。大批量场景建议按队列依次提交并轮询。

Q：图能直接用于发表吗？输出 PDF / SVG 为矢量格式，可直接或经 Illustrator / Inkscape 调整后用于论文，也可选 TIFF 满足期刊位图要求。引用规范见站点说明（英文版 SRplot 已发表于 PLOS ONE）。

转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自陈明杰科学网博客。
链接地址：https://blog.sciencenet.cn/blog-707141-1558835.html

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