［利用程序bp_search2table可以将多种BLAST比对结果的格式转换为表格格式(类似 -m 9)］

BLAST软件的比对结果又很多种格式，如下：

 -m  alignment view options:

0 = pairwise,

1 = query-anchored showing identities,

2 = query-anchored no identities,

3 = flat query-anchored, show identities,

4 = flat query-anchored, no identities,

5 = query-anchored no identities and blunt ends,

6 = flat query-anchored, no identities and blunt ends,

7 = XML Blast output,

8 = tabular,

9 tabular with comment lines

10 ASN, text

11 ASN, binary [Integer]

   default = 0

   range from 0 to 11

这个格式转换的程序bp_search2table.pl是BioPerl安装包的一部分，调用Bio::SearchIO模块。如果要转换XML格式文件，需要安装XML::SAX模块，命令如下

bp_search2table.pl -f blastxml -i input.blastxml -o output.blasttable

详细用法参考它们的说明文档：

perldoc Bio::SearchIO

perldoc bp_search2table.pl