文章原作者：Erica Bakker

原创编译

作为TAIR的literature curator，我能看到各种不同主题的论文。最近我注意到Nature Communications上的两篇论文描述了长链非编码RNA及其在耐寒性和春化反应中的作用。由于你们当中许多人目前正在经历寒冷的冬季，这或许是12月博客文章的适当主题。

在拟南芥 (Arabidopsis thaliana) 中，已经发现了数千种在植物发育和应激反应中具有广泛作用的长链非编码RNA (lncRNA) (Refs 11, 12, 19-28 in Zhao, et. al)。然而，迄今为止，参与冷反应的lncRNA 仅限于FLOWERING LOCUS C (FLC) 的调节子COOLAIR，COLDAIR和COLDWRAP (Refs 29, 30, 31, 32, 33 in Zhao, et. al)。

最近的两篇Nature Communications论文都使用全基因组测序方法比较冷处理的拟南芥植物与在常温下生长的植物。转录起始位点测序 【Transcription Start Site (TSS)-sequencing】 鉴定了一组促进耐寒性的转录因子 (C-repeat/dehydration-responsive element binding factors; CBFs) 作为基因组上最冷的响应区域。在位于CBF3 和CBF1 之间的这个区域，Kindgren et al. (2018) 很想找到一个冷响应的lncRNA，在反义链上转录并将其命名为SVALKA (SVK;瑞典语中的“cool”)。由于RNAPII  对SVALKA 的通读转录，产生了与反义链上的CBF1 基因重叠的神秘的lncRNA。作为RNAPII 碰撞的结果，CBF1的定时表达被严格控制，从而获得最大的冷冻耐受性，并且具有最小的适应性成本。

在第二篇论文中，Zhao et al. (2018) 使用在冷胁迫和正常条件下生长的拟南芥植物的cDNA文库，进行高深度链特异性RNA测序 (high-depth strand-specific RNA sequencing, ssRNA-seq) 鉴定了涉及耐寒性的lncRNA。将从冷响应基因MAF4的反义链转录的一个天然反义转录物 (NAT) lncRNA 重命名为MAS (MADS AFFECTING FLOWERING 4 Antisense RNA)。MAF4 是FLC 家族成员，参与预防早熟的春化反应。

由于人们越来越关注气候的变化，预计在不久的将来会发现更多的冷响应lncRNAs (Kindgren, et al. 2018)。随着我们对植物冷响应复杂机制的深入了解，问题就出现了：气候变化会在多大程度上影响作物的冷响应和春化？

参考文献：

Kindgren P, Ard R, Ivanov M, Marquardt S (2018) Transcriptional read-through of the long non-coding RNA SVALKA governs cold acclimation. Nature Communications 9, Article number: 4561. 

Zhao X, Li J, Lian B, Gu H, Li Y, Qi Y (2018) Global identification of Arabidopsis lncRNAs reveals the regulation of MAF4 by a natural antisense RNA. Nature Communications 9, Article number: 5056.