相比单纯的“研究”，我对发散、交联的思考更加感兴趣，中医里面“头痛医脚、脚痛医头”让我启发很大，如果不把所有的病症都归结到“大脑”，那么细胞的变化就不一定归结到“基因表达”！

最近一次的课题讨论中又听到这样的论调：研究一下（这种现象）的蛋白调控机制，再深层次的追究一下是哪一种基因控制的……至此，我忽然感到一种疲累。

为什么遇到任何表观差异最终都是基因的调控和蛋白表达的差异呢？打个比方：如果假设，我发现一棵大树上面一片叶子凋萎枯黄要掉下来了，想追究一下原因，那么，从哪些方面来思考呢？第一，叶子营养不足，供给营养的是树的根和茎干中的导管，可能是根或者导管出问题了（这就好比于某一表观差异最终是由于某一基因变异和他所调控的蛋白表达差异而引起的）。第二，可能是和这片叶子最邻近的树枝出问题了。第三，可能是这片叶子本身被感染了。第四，可能是这片叶子附近的树枝或者叶子对这片叶子有影响。第五，可能是天气原因，秋天到了，这片叶子只是枯黄的一个开始。第六，一个大树，除了树干以上能形成一层一层的分支，那一层分支出了问题都有可能导致某一片叶子的改变……

诸如此类，不一一列举，但是从这个例子中，我想表达的观点是，解决问题的思维有很多，不一定局限于一个规定的模式里面，教科书里面有一句话让我映像很深“蛋白质是生命表达的载体”，随着看到的越来越多，我对这句话产生了深深的怀疑，虽然曾经的我也是把很多问题的解释都归结于蛋白表达的差异和基因变异上面来，但是，现在我遇到某个表观差异却不会单纯的顺着蛋白质——DNA的路子走下去。

同理，信号通路的变化也许是某些疾病的发病机制，但是如果单单是解决这一信号通路却不一定是治疗这一种疾病的正确方法。以大地上纵横交错的河流为比喻，某一条河干枯了另一条河水量也许就会上涨。那么，通过研究某一条路的手法去发现某一现象背后的本质，那么，这一本质则是片面的。所发现的“本质”实际上也只是一种特定语境下的“猜想”。

更进一步，如果生物的遗传和变异不只是DNA和蛋白质调控的呢？那么现代某些生物学、医学的研究（特指在分子生物学的理论基础上发展和解释的研究）结果是否可以打一个问号？

当人们在细胞中发现线粒体自我复制和凋亡的机制和细胞本身并不完全一致时，针对线粒体的研究一度“热门”起来。以这一个问题为基点，考虑：除了线粒体是否还存在另一套系统独立于细胞核遗传表达体系之外？（我不研究这个，所以只是提出我的疑问。）