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RM2Target 2.0：RNA修饰的写入者、擦除者和读取者靶基因数据库
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RM2Target 2.0：RNA修饰的写入者、擦除者和读取者靶基因数据库
RNA 修饰是转录后调控的关键层次，也是 RNA 表观遗传学的核心主题。迄今为止，已在各种 RNA 种类中鉴定出超过 170 种不同的化学修饰，包括信使 RNA（mRNA）、转运 RNA（tRNA）和核糖体 RNA。这些修饰由专门蛋白质动态安装、移除和解读，这些蛋白质被称为写入者、擦除者和读取者（WER）。写入者催化修饰的添加，例如 METTL3 用于N6-methyladenosine（m6A）、NSUN2 用于 N5-甲基胞嘧啶（m5C）以及 NAT10 用于 N4 乙酰胞嘧啶（ac4C）。擦除者，如主要靶向N6-methyladenosine（m6A）和 N6,2O-dimethyladenosine（m6Am）的 FTO，以及作用于N1-methyladenosine（m1A）的 ALKBH3，促进其移除。读取者，包括 YTHDF1/2/3（用于 m6A）和 ALYREF（用于 m5C），识别这些标记并介导下游调控效应。通过协调作用，WERs调控整个 RNA 生命周期。这些蛋白质的失调会破坏 RNA 修饰稳态，并与癌症和神经系统疾病等多种疾病相关。
值得注意的是，WER的功能具有高度情境特异性：同一种蛋白在不同的细胞情境中可能靶向不同的 RNA，从而导致不同的生物学结果。例如，虽然 METTL3 在许多癌症中通常被认为是致癌的，但在其他癌症中，如肝癌和乳头状甲状腺癌，它表现出抑癌活性。这种功能多样性突出了系统地绘制情境依赖的 WER-靶标关联的必要性，以便阐明 RNA 修饰在不同生理和病理条件下的分子机制。
高通量技术的进步产生了大量将 WER与其靶标基因联系起来的数据。然而，这些数据仍然分散在各个研究中，质量异质性难以整合，这对研究界进行全面分析和有效重用构成了重大障碍。
为解决这一需求，Bao等人先前开发了 RM2Target，该数据库综合收录了九种 RNA 修饰中 96 种 Writers-ERasers-Readers（WER）与其靶标之间的关联，包括N6-methyladenosine（m6A）、N6,2-O-dimethyladenosine（m6Am）、N1-methyladenosine（m1A）、假尿苷（ψ）、N5-甲基尿苷（m5U）、N5-甲基胞嘧啶（m5C）、N7-甲基鸟苷（m7G）以及 A-to-I 编辑，涵盖两种物种，共计 1,619,653 个关联。RM2Target 已在表观转录组研究中得到广泛应用。然而，该领域发展迅速，新兴修饰（如 ac4C、m1G）、新发现的 WER以及非模式物种的越来越多的证据，都要求一个更新且更全面的资源。
在此，Bao等人介绍了 RM2Target v2.0（http://rm2target.canceromics.org/），这是一个显著扩展和增强的数据库版本（图 1）。主要改进包括：（i）数据覆盖范围大幅扩展，现包含 273 种 WER、18 种修饰类型、973 种细胞系/组织类型和 20 种物种；（ii）一个经过整理的调控网络，包含 4,400,616 个 WER-靶标关联，分为三个证据等级，比前一版本增加了 7 倍；以及（iii）通过整合大型语言模型（LLM）进行文献和数据集筛选，提高了数据整理的效率和准确性。此外，RM2Target v2.0 提供了广泛的功能注释，包括 RNA 修饰谱、RNA–RNA 和 RNA–蛋白相互作用、TCGA 癌症类型中 WER与靶点的表达相关性以及疾病关联。通过整合跨物种和修饰类型的多元数据，RM2Target v2.0 是目前最全面的平台，用于探索 WER–靶点调控网络。RM2Target v2.0能作为阐明 RNA 修饰机制的重要资源，实现跨修饰和跨物种比较，并加速 RNA 表观遗传学的基础和转化研究。
图1 RM2Target v2.0架构
参考文献
[1] Bao X, Jiang Q, Chen W, et al. RM2Target v2.0: an updated database for the target genes of writers, erasers, and readers of RNA modifications. Nucleic Acids Res. Published online November 8, 2025. doi: https://doi.org/10.1093/nar/gkaf1206
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