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SMTdb：癌症空间元转录组资源

已有 788 次阅读 2025-11-17 09:57 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

SMTdb：癌症空间元转录组资源

肿瘤微环境（Tumor Microenvironment，TME）是肿瘤周围复杂的环境，由多种成分组成，包括肿瘤细胞、间质组织和细胞外基质。TME中免疫和非免疫细胞分泌的多种因子驱动肿瘤的炎症、免疫抑制和促血管生成的内部环境。大量研究证实，肿瘤细胞与免疫细胞之间的相互作用在TME中起着关键作用。此外，新出现的证据表明，微生物存在于各种肿瘤中，并可影响肿瘤的进展、转移、免疫监视和耐药性。因此，了解TME中微生物群的组成及其与肿瘤细胞的相互作用对于阐明肿瘤进展的分子机制至关重要。

单细胞RNA测序（scRNA‐seq）技术的发展已经能够检测TME中微生物群与肿瘤细胞之间的关系。最近的一项研究描述了肿瘤内微生物群的特征，并揭示了肝内胆管癌中最丰富的细菌目。空间转录组学（ST）技术可以确定组织切片中不同细胞类型和微生物群的空间分布和共同来源。例如，利用该技术，已在口腔鳞状细胞癌和结直肠癌（CRC）中观察到宿主-微生物相互作用。元转录组学分析捕获宿主和不同微生物分类群（细菌、古细菌、真菌和病毒）的全局RNA表达，正越来越多地用于阐明宿主-微生物群相互作用，并提供对特定宿主环境下功能状态的全面见解。然而，尝试才刚刚出现，迄今为止，还没有研究探索微生物群的空间分布模式及其与癌症免疫细胞的相互作用。

在此背景下，Zhou等人通过整合scRNA-seq和ST数据，构建了一个全面的空间元转录组资源，即特定的空间元转录组数据库（SMTdb，http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/SMTdb/，图1）。人工筛选了来自20种癌症类型的203个新鲜冷冻（FF）切片，包括334,253个斑点。为了评估斑点的细胞类型组成，从配对的scRNA-seq和其他高质量的癌症匹配scRNA-seq数据集收集了超过1,900,000个细胞作为参考。SMTdb提供了关于空间组织切片中1218个微生物群的丰度、分布和富集TME区域的重要信息。它还提供多个分析模块，允许用户交互式地调查微生物群的空间分布和表达，与某些微生物群相关的宿主基因模块，以及微生物群和免疫细胞在TME内共发生的数据。SMTdb作为第一个空间微生物群-TME分析和数据资源，可以促进对微生物在肿瘤发生发展和相关宿主免疫反应中的作用的研究。

图1 SMTdb数据库内容

参考文献

[1] Weiwei Zhou, Qingyi Yang, Jiyu Guo, Si Li, Minghai Su, Feng Leng, Tingyu Rong, Jingyi Shi, Yueying Gao, Tiantongfei Jiang, Juan Xu, Yongsheng Li, SMTdb: A comprehensive spatial meta-transcriptome resource in cancer, Molecular Biology and Evolution, 2025;, msaf263, https://doi.org/10.1093/molbev/msaf263

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC