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NCBI中Herpetospermum tonglense的唯一SRA数据应是错误鉴定

已有 501 次阅读 2025-11-20 18:51 |个人分类:植物鉴定|系统分类:科研笔记

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=SRR26762522

image.png

下载原始数据,组装出部分的叶绿体基因组与rDNA数据,挑出其中matK与ITS序列。

>SRR26762522_ITS

TCGATGCCTAAACATCAAACGACCCGCGAACGCGTTCACGAACTTTCTGTGCCTGGGGGGGAGCATCGTCTTGCACGCACGCACCCTCCCGGCGCCTCAACAAAACCCCGGCGCAGGTCGCGCCAAGGAACTCAAACGAATTCGCCCGCCCCCCGCCCCGCCTCGGTGTGCGGAGGGCGGAGCATTCTTGTCGTATTATTCACAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGGATCCCGCGAACCACCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGGAGCCTTCTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCTGCCCCCCACGCAACCCCCCTTCGGGTTGGTTGCGCAGGTGCGGGCACACGCTGGCCTCCCGTGCGCACCGTCGTGCGGATGGCTTAAATTCGAGTCCTCGGCGCCTGTCGTCGCGACACTACGGTGGTTGATCCAACCTCGGTACCGCGTCGCGACCTCAGTCCGCGCAACTCCTCCCCGCGAGCGAGCGAGGACTTCTATGTCGACCCTCTGAACGTCGTCCCCAAAGACGATGCTC

>SRR26762522_matK

ATGCTATCAGAAGGGTTTGCAGTCATTGTGGAAATTCCATTTTCCCTACGATTAGTATCTTCCTCTAAGGAAGAAGAAATCATAAAATCTTATAATTTACGATCAAGTCATTCAATATTTCCTTTTTTAGAGGATAAATTCCCACATTTAAATTATGTGTCAGATGTATTAATACCCTATCCCCTTCATCTGGAAATTTTAGTTCAAATCCTTCGCTCCTGGGTGAAAGATGCCTCTTCTTTTCATTTATTACGGTTCTTTTTTCACGAGTATTGTAATTGGAATAGTCTTAGTACTTCAAAAAAATTGATTTCTTTTTTTTCAAAAAGAAATCGAAGATTAGTCTTGTTCCTATATAATTCTTATGTATGTGAATACGAATCCATTTTCCTTTTTCTACGTAACCAATCTTCTCATATACGATTAACTTCTTATAGGGGCCTTTTTGAGCGAATATATTTCTATGGAAAAATCGAACATCTTGTCAAAGTGTTTGCTAATTATTTTTCGGCTATCTTACGGGTCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATATTAGATATCAAGGAAAATCTATTCTGGTTTCAAAAGATACGCCACTTCTGATGAATAAGTGGAAATATTACCTTGTCAATTTATGGCAATGTCATTTTTATGTGTGGTCACAACCAGAAAGGATCTATATAAACCAATTATCCAAGCGTTCTCTTGACTTTTTGGGCTATATTTCAAGTGTGGGACTAAATCCTTCAGTGGTATGGAGTCAGATGCTAGAAAATTCATTTCTAATAGATAATGCTACGAAGAAACTCGATACACTAGTTCCTATTATTACTCTGCTTGGATCATTGTCTAAAGCGAAATTTTGTAACGTGTTGGGGCATCCCATTAGTAAGACGACCTGGATCGATTCGTCGGATTTTGATATTATTGATCGATTTGTGCGTATATCCAGAAATCTTTCTCATTATTACAGAGGATCCTCAAAAAAAAAGAATTTGTATCGAATCAAATATATACTTCGCCTTTCTTGTGTTAAAACTTTGGCTCGTAAACACAAAAGTACTGTACGCGCTCTTTTTAAAAGGTTAAATTCGGAATTATTGGAAGAATTCTTTACGGAGCAAGAACAGGTTCTTTCTTTGATCTTCCCAAGAGCTTCTTTTACTTTACGGAGGGTATATAAGGGGAAAATTTGGTATTTGGATATTGTTTGCATCAATGATTTGGCCAATCATGAATGA

分别blast:

image.png

image.png

数据库中有Herpetospermum的ITS与matK序列,但都未在blast结果前10个中。基本可以判断该SRA数据来源材料错误鉴定,不是Herpetospermum tonglense,而应是Luffa aegyptiaca。这两个种位于葫芦科不同的族中。

使用公共数据,要小心!



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