科学研究的主要方法和理论来源于西方，是古希腊哲学的产物。知行合一是儒家入世哲学的核心思想，其最高境界是中庸。两者看似不同的哲学其实内在有很深的关系。科学研究是需要主观参与的，而对主观的认识，中国哲学具有很大的优势。

首先，尽管科学本身是反映物质世界的规律的，基本上是唯物的。但是科学研究却是主观和客观完美结合的过程。科学研究是人利用主观的意识和能力对客观世界的规律进行思考和推演的过程。我们一直强调对科学的认识，其实最缺乏认识的恰恰是科学研究本身。科学研究本身的两个对象：客观和主观。我们一直缺乏对主观的主动认识。这种缺失使得我们在从事科学研究的过程变得比较被动，获得科研成果也就使得运气的成分更大。而对主观的认识高度，无疑是东方哲学的最大优势。而知行合一正是儒释道三家都认可的道理。因此，运用知行合一来认识科学研究本身是有重要的价值的。

其次，想搞好科学研究，就需要让两个主体紧密的结合。知行合一的第一个理念就是在实践中不断地提高知的能力和深度。知有两个方面，一方面，包含客观规律的掌握，比如，书本知识和新发现的规律等，另一方面，包含对自我领悟的认识，对主观和客观关系的认识。在科学研究中的学习和思考正是这种知的提高过程。但是要强调的是，在进行充分的客观规律的掌握同时，也要加强对自我的认识和理解，强调对自我的运用能力的提高和认识。比如，通过某一个课题的研究，发现自我是如何进行思考的，发现自我是如何感知的。如果一味的埋头于读书，掌握所谓的科学知识，而忽视对自我的认识和挖掘，无疑主观和客观的结合就不可能更加完善。

再次，知行合一的第二个理念在于行。所谓行并不是简单的做事，而是要把对自我和客观的新认识在新的实践中不断地运用，一方面能够产生有利于他人的产物，达到入世的目的，另一方面，不断地验证已有认识，从而为知的提高提供新的样本。儒家有许多所谓的大儒，满足于自我的感悟，自我的解脱，这个本身并不是儒家的核心思想，即便是佛家也不能同意这样的观点。用佛家的话说，这是典型的小乘思想。《维摩诘经》是其中的经典。

最后，科学研究作为一个研究对象缺乏系统深入的认识，东西方的哲学在这方面拥有不同的优势。东方的哲学的自我审视正是可以在对科学研究本身的研究上发挥重要的作用。而作为从事科学研究的人，更要不断地认识到自我意识挖掘的重要性。

总之，埋头做科研的同时，意识到科研本身具有主观性。发挥主观性的手段就是学习东方的哲学，以此来提高领悟力，增强对客观的感知能力。否则，即使学了大量的科学技术知识，也可能成为儒家中学的不好的那一类人：腐儒。学习是为了灵活运用。灵活的根源在于对自我的掌握能力。唯如此，科学研究才能变得不再神秘。