mLife · Volume 3 · Issue 1

于2024年3月30日正式出版

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https://onlinelibrary.wiley.com/toc/2770100x/2024/3/1

第三卷Issue 1共计14篇文章，包括2篇Perspective，3篇Review，6篇Original Research，1篇Method，1篇Correspondence，1篇Acknowledgment。作者分别来自中国、美国、澳大利亚、英国、丹麦等国家。

Perspectives

▶ Why and how to use the SeqCode

William B. Whitman, Maria Chuvochina, Brian P. Hedlund, Konstantinos T. Konstantinidis, Marike Palmer, Luis M. Rodriguez-R, Iain Sutcliffe, Fengping Wang

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mlf2.1209

美国佐治亚大学William B. Whitman教授团队阐述了一项基于基因组序列命名的新的原核生物命名规则SeqCode。该规则自2022年起正式实施，允许为未培养及无法保存的原核生物形成永久名称，并承认之前有效名称，新名称将与ICNP竞争优先权，实现有效沟通，创建统一分类学。

▶ Fight or flee, a vital choice for Clostridioides difficile

Ji Zeng, Shuying Fang, Jinquan Guo, Min Dong, Guo-Bao Tian, Liang Tao

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mlf2.12102

广东工业大学曾骥教授团队、中山大学田国宝教授团队、西湖大学陶亮研究员团队总结并讨论了艰难梭菌(Clostridioides difficile)产生毒素及形成芽孢的分子调控机制及两者之间的联系，进而讨论了现阶段研究的重要问题及相应解决方案，为制定艰难梭菌感染治疗方案提供了新的观点。

Reviews

▶ Ranking environmental and edaphic attributes driving soil microbial community structure and activity with special attention to spatial and temporal scales

Vadakattu V. S. R. Gupta, James M. Tiedje

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mlf2.12116

澳大利亚联邦科学与工业研究组织农业与食品部Vadakattu V. S. R. Gupta Senior Reseacher团队和美国密歇根州立大学James M. Tiedje教授团队的综述文章对驱动土壤微生物群落结构和活动的环境和土壤属性进行了排序，驱动因素的相关性随空间和时间尺度变化。

▶ The global regulation of c-di-GMP and cAMP in bacteria

Cong Liu, Rui Shi, Marcus S. Jensen, Jingrong Zhu, Jiawen Liu, Xiaobo Liu, Di Sun, Weijie Liu

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mlf2.12104

江苏师范大学刘伟杰教授和南京理工大学刘小波教授团队的综述文章阐述了 c-di-GMP 和 cAMP的调控模型，比较了不同调控框架，并探讨了交叉调控机制。该综述有助于理解细菌如何利用这些信使协调生理过程，为未来研究提供指导。

▶ O-glycosylation in viruses: A sweet tango

Annan Ming, Jianxin Zhao, Yihan Liu, Yibo Wang, Xiaohui Wang, Jing Li, Leiliang Zhang

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mlf2.12105

山东第一医科大学张磊亮研究员团队、首都师范大学李静教授团队和中国科学院长春应用化学研究所王晓辉研究员团队的综述文章总结了病毒相关O-糖基化的最新进展，归纳了O-GalNAc和O-GlcNAc修饰在调节病毒感染中的重要作用，为我们深入了解O-糖基化对病毒复制和宿主-病毒相互作用的影响提供了见解。

Original Research

▶ RsaL is a self-regulatory switch that controls alternative biosynthesis of two AHL-type quorum sensing signals in Pseudomonas aeruginosa PA1201

Ya-Wen He, Zi-Jing Jin, Ying Cui, Kai Song, Bo Chen, Lian Zhou

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mlf2.12113

上海交通大学生命科学技术学院何亚文教授团队基于水稻根际铜绿假单胞菌PA1201群体感应系统，发现PA1201培养过程中两种群体感应信号分子交替合成。转录因子RsaL通过不同的结合方式调控lasI和rhlI差异化表达，抑制3-oxo-C12-HSL的生物合成，促进C4-HSL的生物合成，是协调群体感应信号和致病因子交替合成的分子开关。

▶Insertion sequence transposition activates antimycobacteriophage immunity through an lsr2-silenced lipid metabolism gene island

Yakun Li, Yuyun Wei, Xiao Guo, Xiaohui Li, Lining Lu, Lihua Hu, Zheng-Guo He

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mlf2.12106

广西大学生命科学与技术学院何正国教授团队基于耻垢分枝杆菌转座子插入突变文库筛选获得的广谱抗噬菌体突变株，开展了比较蛋白质组学、基因岛缺少/互补、噬菌体吸附、脂质组及噬菌体进化分析等实验，发现分枝杆菌的插入序列IS1096能高频率插入lsr2基因中激活被阻遏的LOS基因岛，从而抑制噬菌体的吸附并赋予突变分枝杆菌获得广谱抗噬菌体的能力。

▶ Understanding the rapid spread of antimicrobial resistance genes mediated by IS26

Na Tang, Dawei Wei, Yuan Zeng, Gang Zhang, Chao Wang, Jie Feng, Yuqin Song

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mlf2.12114

中国科学院微生物研究所冯婕研究员团队对公共数据库中细菌完整基因组携带的IS26及其形成的可移动单元为对象进行研究，发现IS26在细菌物种中广泛分布，IS26形成的可移动单元可介导多种耐药基因在物种间（最高为门水平）频繁地发生水平基因转移，平均贡献率高达41.2%。IS26插入位点的非特异性可能是其分布广扩散快的主要原因。这为全面了解可移动元件对耐药基因传播的作用提供新见解。

▶ Electrobiocorrosion by microbes without outer-surface cytochromes

Dawn E. Holmes, Trevor L. Woodard, Jessica A. Smith, Florin Musat, Derek R. Lovley

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mlf2.12111

美国马萨诸塞大学Dawn E. Holmes教授团队的研究发现几种缺乏先前在其他电生物腐蚀微生物中发现的重要的外表面c型细胞色素的产甲烷菌和产乙酸菌仍能够进行电生物腐蚀，这表明微生物与Fe⁰建立电接触的策略具有多样性。

▶ Rational design of unrestricted pRN1 derivatives and their application in the construction of a dual plasmid vector system for Saccharolobus islandicus

Pengpeng Zhao, Xiaonan Bi, Xiaoning Wang, Xu Feng, Yulong Shen, Guanhua Yuan, Qunxin She

山东大学微生物技术国家重点实验室佘群新教授团队发现pRN1质粒携带一段可以被冰岛硫化叶菌（Saccharolobus islandicus）CRISPR系统靶向的序列，可以介导对该质粒的CRISPR免疫活性，导致基于该质粒的载体在冰岛硫化叶菌REY15A中不能稳定存在。通过理性设计逃逸CRISPR免疫的序列，最终获得了具有同义突变pRN1骨架且稳定的质粒载体。后续结果表明，基于pRN1和pRN2构建的载体单独或共转于古菌细胞中均能稳定存在，该研究为古菌遗传学分析提供了一个双质粒载体系统。

▶ Transfer of disulfide bond formation modules via yeast artificial chromosomes promotes the expression of heterologous proteins in Kluyveromyces marxianus

Pingping Wu, Wenjuan Mo, Tian Tian, Kunfeng Song, Yilin Lyu, Haiyan Ren, Jungang Zhou, Yao Yu, Hong Lu

复旦大学的吕红教授和余垚副研究员团队在一种富有潜力的细胞工厂宿主菌马克斯克鲁维酵母中建立了人工染色体KmYAC。该团队利用KmYAC向马克斯克鲁维酵母转移了大尺寸的二硫键异构模块，模块在酵母中活跃表达并发挥功能，促进了多种异源蛋白的表达，其中葡萄糖淀粉酶的表达水平达到16.8 g/l。该项工作证明了KmYAC是一种转移大尺寸功能模块的可靠平台。

Method

▶ Cultivating the uncultured: Harnessing the “sandwich agar plate” approach to isolate heme-dependent bacteria from marine sedimen

Jing Zhang, Qi-Yun Liang, Da-Shuai Mu, Fengbai Lian, Ya Gong, Mengqi Ye, Guan-Jun Chen, Yuqi Ye, Zong-Jun Du

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mlf2.12093

山东大学海洋学院杜宗军教授团队基于微生物之间的相互作用设计了一种共培养方法——夹心平板法，利用该技术开展海洋未/难培养微生物的分离实验，发现通过维持共培养系统中微生物间的相互作用可以获得大量的未/难培养微生物，并发现血红素是部分海洋共生细菌的重要生长促进因子，对于挖掘新的微生物资源具有重要借鉴意义。

Correspondence

▶ Genomic investigation and nationwide tracking of pediatric invasive nontyphoidal Salmonella in China

Yefang Ke, Lin Teng, zhe Zhu, Wenbo Lu, wenyuan Liu, Hajyang Zhou, Qi Yu, Lina Ye, Pan Zhu, Guoping Zhao, and Min yue

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mlf2.12117

中国科学院大学杭州高等研究院乐敏研究员团队基于119株儿童感染非伤寒沙门菌及全球320株沙门菌Goldcoast血清型菌株基因组开展了全基因组序列研究的实验，发现侵袭性沙门菌株对抗生素更为敏感且携带更少的耐药基因及耐消毒剂基因，但携带较高的cdtB、faeCDE和tcpC毒力基因，同时在侵袭性感染病例中发现新兴Goldcoast血清型存在反复的人际传播可能。

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期刊简介

mLife是由中国科学院主管、中国科学院微生物研究所主办（中国微生物学会为合作单位）的我国微生物学领域第一本综合性高起点英文期刊。mLife瞄准全球微生物学领域高水平科研成果和前沿进展，报道内容覆盖微生物学各个学科。mLife的办刊目标是打造微生物学领域综合性国际旗舰期刊。目前mLife已被Scopus、DOAJ、 CSCD、CAS、Google Scholar、ESCI等国内外数据库收录。

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