一、获取eggNOG注释信息

1、准备蛋白的fasta格式文件，压缩为.gz格式作为输入文件

gzip -c example.fasta > example.fasta.gz

2、提交到网站http://eggnog-mapper.embl.de/

3、用seqkit建立ID和序列长度索引，并导出

seqkit faidx example.fasta -w 0 > example.fasta.fai   #-w 0 表示不计空格

4、example.fasta.fai用表格打开，将eggNog_ID-|-length用&连接合并为一个值，

5、在TBtools——sequence Toolkit——Fasta ID Rename,将原ID替换为out.emapper.annotations表格中的eggNog_ID，得到example_eggNog.fa作为输入文件，放在文件夹twelve_spp_proteins/

6、执行CAFE中的python脚本，即可根据长度提取相同功能的最长转录本的蛋白序列

python python_scripts/cafetutorial_longest_iso.py -d twelve_spp_proteins/

二、

1、conda安装packages到定文件夹

conda install -c bioconda eggnog-mapper  --prefix=/home/dell/anaconda/
(注意：pretix前是双短杠）