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分子动力学in文件解析(部分)
#随机取向多晶的热生长
units metal
boundary p p p
atom_style atomic
read_data CuRpoly.lmp
pair_style eam
pair_coeff * * Cu_u3.eam
#Energey equilibration
min_style cg
minimize 1e-15 1e-15 5000 5000
#temp control吧
compute new3d all temp #定义一个compute,并不执行,可在后文中调用如fix,thermostat,等
#compute new2d all temp/partial 0 1 1
#The calculation of KE excludes the x, y, or z dimensions if xflag, yflag, or zflag = 0.
#系综 npt:恒温恒压的;nph等焓的;nvt:经典的,简洁的。
# 关于Tdamp的说明 温度阻尼系数
# 关于Pdamp的说明 压力阻尼系数
# 关于 fix temp/rescale
#equilibrate
fix 1 all npt temp 300.0 1000.0 $(100.0*dt) iso 0.0 0.0 $(1000.0*dt)
fix 2 all temp/rescale 10 900 1000.0 10.00 0.5 #fix ID group-ID temp/rescale N Tstart Tstop window fraction
fix_modify 2 temp new3d #在这里调用和执行new3d,计算此时系统的温度。
thermo 3000 #每N个时步输出一次参数(温度能量压力)
thermo_modify temp new3d
timestep 0.001
run 15000
#heat
unfix 2
fix 2 all temp/rescale 10 300 1000.0 10.00 1.0 #fix ID group-ID temp/rescale N Tstart Tstop window fraction
fix_modify 2 temp new3d
dump 1 all atom 1500 grain.heat_*.data
#dump 1 all cfg 4000 dump.shear_*.cfg mass type xs ys zs fx fy fz
thermo 3000
thermo_modify temp new3d
reset_timestep 0
run 100000
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