做分子动力学模拟时，经常需要自定义氨基酸残基，或添加非氨基酸的残基，例如Fmoc基团等等。此时如果不清楚PDB中的残基命名规则，自己的残基就只能用C1，C2，H3，N4等等来命名，十分残念又难以记忆和理解，往往带来构建失败的结局。因此，了解PDB中的原子约定命名规则是很重要的。

笔者了解PDB的命名规则纯属偶然，乃观察PDB中下载的蛋白时偶然发现。

下面说明具体的命名规则。

1. 氨基和羧基上的原子都采用本名，C, N, O, H, etc.

2. 其它原子除 H 外，所有原子命名均采用“原子名+后缀[编号]”形式。整体命名方法类似于图论中求解最大流问题时所采用的标号法。首先α-C被命名为CA。其后按照成键关系逐级递推，名字后缀依次为 B-G-D-E-Z-H-...（此为希腊字母表顺序：α(A)，β(B)，γ(G)，δ(D)，ε(E)，ζ(Z)，η(H)……）。以上图中的色氨酸为例，和CA相邻的原子是β-C，故被命名为CB。和CB相邻的原子是γ-C，命名为CG（先不考虑 H）。和CG相邻的有两个δ-C，排到了 D，此处将其命名为CD1和CD2。再向后和CD1相邻的是N原子，和CD2相邻的是两个C原子，故将它们命名为NE1、CE2和CE3。NE1再后面没有未标号的重原子了，停止；CE2和CE3后面是两个C原子，故命名为CZ2和CZ3（标号延续上一原子）。最后还剩下一个C，标为CH2。

3. 对于氢原子，命名采用“H+所连原子后缀[编号]”形式。例如连接在CD1上的H命名为HD1，连接在CB上的H命名为HB1和HB2, etc.。

对于自己构建的残基也是同样的道理，按照规则命名后，方便自行建立拓扑文件，即可进行后续的动力学模拟。