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作者：小丫  来源： 嘉因

姥姥跟妈妈告娃的状：“到家就画画，画起来就没完，10点还不睡！画画有啥用？能当画家啊？”

妈妈心疼娃1秒钟。没关系，妈妈从小就是这么锻炼出来的，所以内心无比强大。

Y叔昨天又画了个花哨的图《用图片当ggplot2画布》，看到留言，小丫脑子里立刻浮现出开头那个场景。

特别喜欢《吴喜之：数据分析和数据挖掘是最大的求职法宝》里的这句话：

真正适合干这一行的人，会在业余时间里编程序、分析数据，他的目的就是自娱自乐，而不是为了要拿着什么学位，拿到什么样的头衔，最终他自己把自己的价值就提高了。

有些人只是想把自己喜欢做的事做好，乐在其中，还想跟朋友们分享他的快乐！独乐乐不如众乐乐，才会出现那么多分享经验的博客，以及从写博客转而写公众号的小伙伴。

金牛座的小丫喜欢美好的食物，不，美好的事物，同时也是个实用主义者。小丫琢磨了一下午：Y叔的画图神技到底有啥用？

按学术界的评价标准，貌似发高水平paper才是最有说服力的。

Y叔写过几百篇技术贴和9个R包，他那些技术贴我只看热闹，他那些R包我只用过ChIPseeker和clusterProfiler。

ChIPseeker和clusterProfiler确实很好用，照着说明文档操作，超级顺畅。就连TCGA也爱用《最靠谱的富集分析，超炫的展示方式，TCGA也是他的粉丝》，发表在遍地是牛的F1000Research上。

Y叔说过：其实ggtree才是他的真爱。

ggtree有啥用？

能发Science，有图有真相，Science买家秀：

Fig. 3. The sup-35/pha-1 N2 haplotype is derived and is marked by an inversion

出自Ben-David, E., Burga, A. and Kruglyak, L., 2017. A maternal-effect selfish genetic element in Caenorhabditis elegans. Science, p.eaan0621.

大多数小伙伴都不做进化，小丫只想知道：ggtree对研究转录调控有什么帮助呢？

经常遇到小伙伴看了《转录因子调控了谁？挖全天下所有高通量实验数据，只为您解决这一个问题》，找小丫做ChIP-seq实验，可是他研究的是未知的转录因子，只是推测它们属于某个转录因子家族，有的甚至不确定能否跟DNA结合，更别提ChIP级别抗体了。

虽然新发现的转录因子不好做ChIP，但是小丫推荐你做下面这个图，足以成为paper里的一个亮点：进化树 + RNA-seq的heatmap + 基因家族的多序列比对。天呐！我的paper又可以画出一个Key Figure啦！

Figure 6. Phylogenetic tree, expression patterns, and sequence alignment of the expansin family.

出自Chen, M., Xu, J., Devis, D.L., Shi, J., Ren, K., Searle, I. and Zhang, D.,2016. Origin and functional prediction of pollen allergens in plants. Plant physiology（植物界的顶级期刊）, pp.pp-00625.上海交通大学张大兵lab

这个图的应用场景：

场景一：多组sample的RNA-seq数据画完heatmap，发现我感兴趣的基因家族所在的cluster当中，有一些功能未知的基因。这些功能未知基因是否也属于这个基因家族？做多序列比对看看，它们是否具有相似的结构区域。

场景二：我鉴定出来一个新的转录因子，它有什么功能？序列相似预示着功能相似，做多序列比对，先找到序列相似的已知转录因子，再下载公共数据，查看它们的表达谱是否也是一致的。

你可能还想看：

1. RNA-seq数据 + 别人的ChIP-seq数据，准确找到靶基因，详见《RNA-seq这样画图，国自然必得A》；
   

2. RNA-seq数据，转换成ATAC-seq，挖出关键调控因子，详见《任意两组RNA-seq变身，国自然得AAA》；

3. RNA-seq数据，找enhancer expression，挖明星分子的远距离调控机制，详见《RNA-seq居然能挖出这么多机制！给你的文章加5分》；

4. RNA-seq数据 + 多序列比对 + 进化树，发现新的基因家族成员，详见上文；

想用ChIP-seq、ATAC-seq研究感兴趣的基因？想整合ChIP-seq、ATAC-seq、eCLIP/RIP-seq、RNA-seq数据寻找线索？找嘉因生物吧！从实验、测序，到多种数据整合分析，为您一站式解决。（点击文中蓝字了解详情）

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