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第一作者:Guibing Hu
第一单位:华南农业大学
第一通讯:Jianguo Li
Abstract
背景回顾:Lychee is an exotic tropical fruit with a distinct flavor.
结果1-基因组组装:The genome of cultivar ‘Feizixiao’ was assembled into 15 pseudochromosomes, totaling ~470 Mb. High heterozygosity (2.27%) resulted in two complete haplotypic assemblies.
结果2-等位基因差异表达:A total of 13,517 allelic genes (42.4%) were differentially expressed in diverse tissues.
结果3-驯化历史~极早熟和晚熟荔枝:Analyses of 72 resequenced lychee accessions revealed two independent domestication events. The extremely early maturing cultivars preferentially aligned to one haplotype were domesticated from a wild population in Yunnan, whereas the late-maturing cultivars that mapped mostly to the second haplotype were domesticated independently from a wild population in Hainan.
结果4-早熟荔枝形成和栽培史:Early maturing cultivars were probably developed in Guangdong via hybridization between extremely early maturing cultivar and late-maturing cultivar individuals.
结果5-果实成熟变异:Variable deletions of a 3.7 kb region encompassed by a pair of CONSTANS-like genes probably regulate fruit maturation differences among lychee cultivars.
结论:These genomic resources provide insights into the natural history of lychee domestication and will accelerate the improvement of lychee and related crops.
摘 要
荔枝是一种奇异的热带水果,具有十分独特的风味。本文中,作者报道了栽培种荔枝“妃子笑”的基因组,共包含15条拟染色体,大小约470Mb。“妃子笑”基因组的杂合度较高,为2.27%,这使得作者能够获得两套完整的单倍型基因组。作者发现,13,517个的等位基因(约占42.4%)在不同的组织中具有差异表达。对72份荔枝材料的重测序分析显示,荔枝发生过两次独立的驯化事件。极早熟荔枝品种主要与“妃子笑”的其中一个单倍型匹配,驯化于来自云南的一个野生群体;而晚熟荔枝品种则与另外一个单倍型匹配,独立驯化于来自海南的一个野生群体。早熟荔枝品种可能是极早熟荔枝品种与晚熟荔枝品种的杂交形成的,在广东培育而成。包含一对CO-like基因的3.7kb序列的删除变异可能调控着不同荔枝品种间的果实成熟差异。本文所报道的“妃子笑”基因组及相关研究结果为荔枝的驯化历史提供了新的视野,同时也为加速荔枝及相关作物的育种改良提供了宝贵资源。
通讯作者
** 李建国 **
个人简介:
1984-1988年,华中农业大学,学士;
1988-1991年,华南农业大学,硕士;
1991-1994年,华南农业大学,研究实习员;
1994-1999年,华南农业大学 ,助理研究员;
1997-2001年,华南农业大学,博士;
1999-2004年,华南农业大学,副研究员;
2004年-至今,华南农业大学,研究员;
2006-2007年,美国弗吉尼亚理工和州立大学,访问学者;
2012-2013年,美国伊利诺伊大学香槟分校,访问学者。
研究方向:荔枝果实发育生理及分子生物学、高效栽培技术、种质资源创新和利用等。
doi: https://doi.org/10.1038/s41588-021-00971-3
Journal: Nature Genetics
Published date: January 03, 2022
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