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大多数细胞实验室同时培养着多种不同类型的细胞——人源肿瘤细胞系、小鼠成纤维细胞、中国仓鼠卵巢(CHO)细胞……它们互不干扰地生长在各自的培养瓶中,研究者对此习以为常。但有一个问题很少被追问:你的"人源"细胞系里,真的没有混入其他物种的细胞吗?
一、"看不见"的交叉污染
与细菌或真菌污染不同,细胞间的交叉污染不会让培养基变浑浊,也不会改变pH值。培养瓶里依然长得好好的,细胞形态在显微镜下看起来也"一切正常"。正因为这种隐蔽性,跨种属的细胞交叉污染长期被低估。
2002年,意大利国家癌症研究所的Parodi等人在《BioTechniques》上发表了一种基于PCR的细胞种属鉴定方法。该研究明确指出:"细胞系的错误鉴定和交叉污染是细胞培养中的重大问题,会使科学结果及其可重复性变得不可靠。"研究团队为人和猫、狗、小鼠、大鼠、马、兔、非洲绿猴、中国仓鼠等9种常见实验动物设计了物种特异性引物,通过简单PCR扩增即可快速确定细胞系的物种来源。该方法检测灵敏度高,可在1%的污染水平下明确检出。
这一研究方法本身已有二十多年历史,但其警示的种属交叉污染问题在今天依然普遍存在。2023年,德国亚琛工业大学的Weiskirchen团队在《Cells》期刊上发表综述指出,国际细胞系鉴定委员会(ICLAC)登记的被错误鉴定或交叉污染的细胞系已达576种。在数量庞大的连续细胞系中,人源细胞系被其他物种细胞污染——尤其是被增殖更快的小鼠或大鼠细胞取而代之——的情况并非个案。
二、为什么种属错了,数据也会跟着错
不同物种的细胞在生物学特性上存在系统性差异。一个最直观的例子是药物代谢研究:小鼠和人类在细胞色素P450酶系的表达谱上差异巨大,一个在人源细胞中有效的药物候选物,在被小鼠细胞"替换"的培养体系中可能得出完全相反的结果。同样,基因表达谱分析、信号通路研究、转录组测序等实验,都高度依赖于细胞物种的准确认定。
如果一个人源细胞系中混入了10%的小鼠细胞,在RNA测序数据中就会有相当比例的小鼠基因信号被检测到。研究者可能误以为这些信号来自人源细胞的新转录本,从而做出错误的生物学结论。由于交叉污染的隐蔽性,这类数据偏差往往在论文发表后才被偶然发现,造成了大量不可重复的研究结果。
更令人担忧的是,将细胞系在不同实验室之间交换,或者在同一个实验空间中同时操作多种不同物种的细胞系,都会显著增加交叉污染的风险。共用培养基和胰酶、在同一个生物安全柜中同时处理多株细胞、不规范的移液操作——这些日常实验中再普通不过的细节,都可能成为跨种属交叉污染的传播途径。
三、快速筛查:种属鉴定作为第一道防线
STR分型是目前国际公认的人类细胞系鉴定金标准,但它的检测重点是同一物种内的"身份"确认——即回答"这株细胞是HeLa还是HepG2"的问题。而种属鉴定解决的是另一个维度的问题——"这株细胞到底是什么物种的"——是细胞系质控体系中STR鉴定的重要补充。
以qPCR为基础的种属鉴定方法,通过物种特异性引物扩增线粒体基因片段(如细胞色素c氧化酶亚基I或细胞色素b基因),可在数小时内完成从样本处理到结果判读的全过程。它适合作为新接收细胞系的快速入库筛查,也可以在发现异常结果时快速排查。上述Parodi团队的方法正是在此原理上设计的,灵敏且经济,用研究团队自己的话说:"足以集成到即使是最基础的细胞培养设施的质量控制体系中。"
四、建议
对于日常使用多种细胞系的实验室,种属鉴定的最佳实践包括:第一,新引入的细胞系在传代前进行一次种属确认;第二,不同物种的细胞在操作时严格分开,包括使用独立的培养基和胰酶;第三,如果怀疑交叉污染(如STR鉴定结果异常、细胞生长行为突然改变),优先做种属鉴定排查。将种属鉴定纳入常规质控流程,成本可控,但可以减少一个潜在的"数据污染源"。
参考文献:
1.Parodi B, Aresu O, Bini D, et al. Species Identification and Confirmation of Human and Animal Cell Lines: A PCR-Based Method. BioTechniques, 2002, 32(2):432-440.
2. Weiskirchen R, Weiskirchen S. Cellular contamination: the elephant in the room. Cells, 2023, 12(4):682.
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翼和生物提供基于qPCR方法的细胞种属鉴定服务,覆盖人类、小鼠、大鼠、中国仓鼠、猪、狗、牛、猫、猴、兔等10种常见实验动物种属。检测快速,灵敏度高,适合新细胞系入库筛查、异常结果排查及日常质控,是STR鉴定的有效补充。
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