doudouEunice的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/doudouEunice

博文

RNA表达差异研究:高通量数据离不开实验验证

已有 153 次阅读 2026-1-8 13:04 |个人分类:二代测序验证|系统分类:科普集锦

一篇精心设计的转录组学论文,却可能因为缺少qPCR数据而在审稿环节折戟沉沙,这背后是科学界对研究严谨性的要求

一、验证的必要性:从筛选到结论的鸿沟

高通量技术如RNA-seq和微阵列能够同时检测数千甚至数万个基因的表达水平,提供了前所未有的数据广度高通量实验本身具有复杂的统计假设和技术偏差。

学术界对于这一问题的认识日益清晰。2023年的一项方法论研究对大量公开的高通量测序进行了系统性评估,发现该领域存在广泛的技术偏差,许多实验的统计前提假设可能并不成立。这直接导致了一个严峻问题:高通量筛选出的“差异表达基因”中,有相当一部分可能是假阳性结果。

 

二、未验证的风险:同行评审的隐形红线

在实际的科研出版流程中,缺乏实验验证的表达差异研究面临着重审稿挑战。虽然少有期刊会公开声明“无验证即退稿”,但这一要求已成为隐形标准。

更直接的证据来自实际的审稿意见。期刊《Journal of Cellular Biochemistry21曾因结论不可靠集中撤稿151篇论文,其中大部分涉及非编码RNA(如miRNA)研究。这些研究往往仅通过高通量测序和生信分析得出机制结论,而缺乏充分的实验验证,导致结果无法被采信。

 

三、验证实验的科学设计:从理论到实践的桥梁

一个严谨的验证实验设计需要系统性思考和周密规划。

内参基因需要审慎选择。无论是验证mRNA还是miRNA,都必须使用经过验证的、在实验条件下表达稳定的内参基因。不同的实验条件和组织类型可能需要不同的内参基因组合,盲目使用“常用”内参可能导致系统误差。

样本量的合理确定也至关重要。过少的样本可能导致验证结果不可靠,过多的样本则会造成资源浪费通常每组需要至少3个生物学重复。

 

四、验证结果的合理呈现:科学沟通的艺术

获得验证数据后,如何在论文中合理呈现同样考验研究者的科学素养。理想情况下,验证结果应与初筛数据并列展示,便于读者直接比较。

讨论部分需要诚实地解读验证结果。如果部分基因未能成功验证,研究者应深入探讨可能的原因,而不是选择性地报告成功案例。

科学上的阴性结果同样具有价值,它们可能揭示了实验条件的特异性或基因调控的复杂性。

 

最近,上海翼和推出了高通量数据结果验证服务,可以针对候选基因表达量进行qPCR验证,辅助完成论文的发表。独立的实验验证是构筑可靠结论的基石缺乏这一环节,研究结论的严谨性和可信度将面临根本性质疑。



https://blog.sciencenet.cn/blog-3140696-1517613.html

上一篇:端粒酶活性检测经典方法——TRAP法
下一篇:细胞培养的支原体污染:主流检测方法解析
收藏 IP: 223.166.128.*| 热度|

1 王涛

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2026-1-9 16:09

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部