博文
IBD与microbiota
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IBD（inflammatory bowel diseases）是由遗传、免疫、肠道微生物和环境等多种因素作用形成的慢性炎症疾病。IBD传统上在临床根据症状可以划分为：ulcerative colitis (UC)和Crohn's disease (CD)。研究发现，77%的CD患者和80%的UC患者找不到遗传因素，为此IBD的出现不是单一因素导致的，随着微生物研究技术的迅速发展，IBD与microbiota的研究成果越来越丰富。
1、遗传因素联合菌群与IBD的影响：GWAS发现160个与IBD有关的SNPs，SNPs所位于的基因大部分是发挥调节微生物与宿主的作用。1）在携带有NOD2突变的CD患者，IL-10的量会呈现下降趋势，CD患者同时呈现肠道菌群紊乱状态，Clostridium XIVa和IV含量减少，Actinobacteria和Prodeobacteria含量增加。2）携带有ATG16L1基因的T300A变异的患者，Escherichia coli含量较高 。
2、饮食对肠道微生物的影响：亚洲人群IBD患者数目逐年增加的一个诱发因素是饮食结构逐步偏向西方人群；高脂肪、低纤维的饮食人群肠道内具有较多的Bacteroidetes和Actinobacteria,而高纤维、低脂肪的饮食具有较多的Firmicutes和Proteobacteria。在CD患者中，服用地中海饮食时，CRP(C Reactive Protein)的水平呈下降趋势，同时Proteobacteria和Bacillaceae的含量下降，Bacteroidetes和Clostridium clusters的含量增加。
3、IBD与肠道微生物的关系研究：1）在UC患者中，肠道的生态失衡表现在Firmicutes、Bacteroidetes的减少，Proteobacteria和Actionbacteria含量增加。2）对类胆固醇存在反应的人体中，多样性更为丰富相对对类胆固醇没有反应的人来讲。3）在小孩患者中，Enterobactriaceae、Pasteurellacaea、Veillonellaceae和Fusobacteriaceae的含量较为丰富，Erysipelotrichales、Bacteroidales和Clostridiales的含量下降。4）有研究发现UC患者中，Faecalibacterium prausnitzii和Roseburia hominis的含量显著性低。5）在CD患者中，真菌Candida albicans、Aspergillus clavatus和C. neoformans含量较为丰富。
4、菌群如何调节Intestinal Inflammation：菌群可以通过影响short-chain fatty acids（SCFAs）、vitamins等影响机体状态，有研究发现Clostridia和Bacteroidetes的某些菌可以促进CD4+ Foxp3+调节细胞的含量增加。
5、口腔微生物与IBD的关系：有研究发现，IBD患者中，口腔中的Bacteroidetes显著增加，而Proteobacteria相应减少。
6、微生物基因功能与IBD的关系：研究发现IBD患者中，肠道微生物的metabolic pathways有12%受到影响。在CD患者中，参与丁酸盐、丙酸乙酯的有关微生物基因表达量下降，导致butyrate, acetate和SCFAs等含量的下降。
7、IBD与Probiotics：probiotics supplementation的调节对于慢性肠炎患者具有较好的效果。
8、IBD与Antibiotics：服用抗生素时，肠道内的菌群会出现较大变化，服用7天的克林霉素（clindamycin）、ciprofloxacin（环丙沙星）后，体内的Ruminococcaceae和Lachnospiraceae显著下降。1）在大于2岁的孩子中，如果小孩服用抗生素，IBD的发病风险会大幅度增加；2）a recent meta-analysis showed a 2.17-fold and 1.35-fold increase in likelihood to undergo clinical remission for UC and CD patients taking antibiotics when compared to patients off anti-microbial therapy, respectively. 3）showed that rifaximin extended-release at a dose of 800 mg twice a day was able to induce clinical remission in 72 % of patients with moderately active CD. Clinical remission was observed for the subsequent 12-week follow-up period。
9、粪便移植和IBD：1）FMT is an effective form of therapy in recurrent Clostridium difficile infection where the experience is much greater. 2）In a systematic review performed in 2012, improvement of IBD symptoms and disease activity index was observed in 76 and 63 % of patients with FMT treatment, respectively. 3）Kump et al. recently published a case series of six patients with severe refractory UC who were treated with FMT through a single colonoscopy deliver. None of the patients in this study were able to achieve clinical remission at 90 days. They observed a marked decrease in Proteobacteria including Enterobacteriaceae and an increase in Bacteroidetes and Firmicutes including Lachnospiraceae. All patients experienced improvement of bowel frequency during the first 2 weeks after FMT.
参考文章：IBD and the Gut Microbiota—from Benchto Personalized Medicine
https://blog.sciencenet.cn/blog-306699-942483.html
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