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mothur align.seqs中v3-4区域的位置界定

已有 5185 次阅读 2015-4-16 19:18 |个人分类:工具mothur|系统分类:科研笔记| style, Microsoft, 微软雅黑, start

在利用mothur align.seqs模块将tags比对到sivla参考序列时，为了减少计算量，通常会对silva进行区域的筛选。

针对v4区域的参考位置是start=11894, end=25319

v3-5区域的参考位置是start＝6426，end=27654

v3-4区域的参考位置是start=6428, end=23444

材料参考源：

具体的位置界定方法：

1） Find an Ecoli 16S sequence，

2）Trim the sequence to the region within your primers. Whether or not to keep the primer sequences doesn't matter

3）Align the trimmed sequence to the reference alignment (SILVA is preferred)

4）Run summary.seqs on the aligned sequence

5）Use the start and end numbers inpcr.seqs

具体的操作实例可参考：

在实际使用中遇到以下问题：

Some of you sequences generated alignments that eliminated too many bases

针对以上情况，为了保证结果准确性，同时不严重增加计算量的情况下：

v3-4区域目前的建议是：start=1, end=25000

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