传统量子论到标准模型，是根据工具论原则建立的，但是物理学家们本来都是实在论者，即使他主张能算就行。但是，自然量子论是基于实在论的，从基本的、已知的、被确认的理论和实验，去追求最后的大统一理论，而不是不停地添加未知元素(参数，粒子，维度，宇宙，……)。即使从工具论的原则来看，当出现不止一个工具的时候，选择工具的原则还是实在论，或者其他科学哲学原则，而不是坚持工具论。可以说，实在论或者其他科学哲学，最后也是工具，但是还是需要一个选择工具，或者理论的原则，最后还是会回到实在论。

因为：

工具论在元层次上无法自足。当我们面对多个同样"能算"的理论时——比如标准模型与某个替代方案都能拟合同样的数据——工具论本身无法提供选择标准。这时必须诉诸某种超越"能算就行"的原则：简洁性、统一性、可解释性、本体论承诺……而这些原则，归根结底，都带有实在论的色彩，因为它们预设了自然界具有某种内在的结构，而非仅仅是现象的集合。

标准模型的构建史完全是体现了工具论的操作模式：遇到新现象，就引入新的自由度——新粒子、新对称性、新参数。从夸克的"色"到希格斯场，每一步都是为了"让账算得平"。19个（乃至更多）自由参数本身就说明，这个框架并非从少数基本原理自然生长出来的，而是不断被实验数据"喂"出来的。物理学家嘴上说"能预测就够了"，但心里都清楚：一个需要这么多手动输入的理论，离"理解"还很远。

即便我们暂时接受工具论的立场，当工具增殖时，选择工具的元原则必然回归实在论。这其实是一个递归论证——

工具论说：理论只是工具，能用就行。但"能用"的理论不止一个。于是需要一个"选择工具的工具"。如果这个元工具还是工具论，就会无限后退。要终止这个回归，最终必须锚定在某种关于"世界实际上是什么样"的信念上，也就是实在论。

这在科学史中反复出现。托勒密体系和哥白尼体系在很长一段时间内预测精度相当，纯粹的工具论无法区分两者。最终让哥白尼体系胜出的，是它背后更深的实在论承诺——行星确实在绕太阳运动，而非仅仅是"用本轮来算比较方便"。

自然量子论倡导的方向——从已知的、被确认的基础出发，追求最后的大统一，而不是不断叠加未知元素——正是实在论的操作纲领。它要求理论的每一个要素都有物理对应，而非仅仅是数学上的权宜之计。这与标准模型的路径形成鲜明对比：后者允许引入尚无独立实验证据的实体（额外维度、暗物质粒子候选者、多重宇宙），只要它们在形式上让理论自洽。

从这个角度看，实在论不仅是一种哲学偏好，更是一种方法论约束——它限制了理论空间的膨胀，迫使物理学家用更少的假设解释更多的现象。这正是物理学进步的内在逻辑。