原文链接：The Arabidopsis holobiont: a (re)source of insights to understand the amazing world of plant–microbe interactions | Environmental Microbiome | Full Text (biomedcentral.com)

摘要

作为全生物体，植物与它的微生物组有着内在的联系。然而，这些微生物组的一些特征，如它们的分类组成、生物和进化作用，特别是形成它们的驱动因素，还没有完全阐明。关于拟南芥的微生物群的报告首次出现在10多年前。然而，对于利用这种全生物体产生的大量信息，仍然缺乏全面的了解。本综述的主要目的是对有关拟南芥-微生物组互作的文献进行深入、详尽和系统的分析。一个核心微生物群被确定为由一些细菌和非细菌分类群组成。土壤（以及在较小的程度上，空气）被检测为主要微生物来源。从植物的角度来看，物种、生态类型、昼夜节律周期、发育阶段、环境反应和代谢物的渗出是形成植物-微生物相互作用的关键因素。从微生物的角度来看，微生物与微生物之间的相互作用、属于微生物群的微生物类型（即有益的或有害的）以及微生物的代谢反应也是关键驱动因素。潜在的机制刚刚开始被揭开，但相关的未来研究需求已经被确定。因此，本综述提供了有价值的信息和新的分析，将阐明加深我们对这种植物全生物体的理解及其与环境的互作。

图1 拟南芥微生物群的特点和联系。

A 主要微生物分类群在不同植物区系中的分布由图中底部方框内的符号表示； 浅蓝色代表细菌类群，浅橙色代表真菌类群，而主要类群的相对丰度在每个隔间旁边表示。

B 区系微生物群和它们不同接种来源（输入）之间的联系。箭头宽度代表了基于每个来源的输入占总输入的百分比的相对贡献。虚线代表次要的影响。根部包括内生根际和根皮层。叶子包括内生叶层和附生叶层。分类群名称为 Pseudomonadota, Actinomycetota, Bacillota, Bacteroidota, Acidobacteriota, Chloroflexota, Cyanobacteriota, Planctomycetota, Basidiomycota, Ascomycota, Zygomycota, and Mucoromycota, 分别是以前的 Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Acidobacteria, Chloroflexi, Cyanobacteria, Planctomycetes, Basidiomycetes, Ascomycetes, Zygomycetes, and Mucoromycetes。

图2 拟南芥与微生物群的相互作用是一个复杂的系统： 形成这种植物-微生物互动结果的多种驱动因素。

A 从宏观有机体植物的角度看驱动因素（从上到下）： 昼夜节律和季节性影响；生态类型；土壤；植物发育阶段；植物释放的生物分子（即根部渗出物）；对环境的反应（即生物/非生物压力反应）。

B 从微生物角度看驱动力： 微生物与微生物之间的相互作用； 微生物对生物和非生物压力的反应； 微生物释放的生物分子和微生物的类型（即促进/保护植物生长的细菌）。

C 未来的研究需求