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告别2011之八年小RNA研究总结
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每一年都有学术报告，都要总结自己一年做过的事，2011年底当然也不例外了。今年我突发奇想，总结了一下自己八年来做小RNA生物信息学的收获，我给自己总结了几个一：
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1. 一篇被引用160多次的算法：Triplet SVM （http://www.biomedcentral.com/1471-2105/6/310）
这个算法是和成海合作的，发表于BMC bioinformatics，主要是做一个de novo的microRNA预测算法。或许，那段时间是我这八年中思想最为活跃的时期。成海和我一样，说话速度很快，在我的力劝下，去了冷泉港实验室，后又去了哈佛，之后又回到了冷泉港。我却回了南农，开始了人生最疲惫的折腾。
如果当初我们做得更好些，或者杂志发得更好些，或者引用会更多一些吧。还有题目，我们没有提到算法。之后我用这个算法在家蚕和其他物种中发现了microRNA（发表于PLoS one）。
2. 发了一篇非编码RNA发现的论文，Nature China评论了一下（Gene discovery: Hidden treasures : Article : Nature China）。
当时成海和我想从EST中挖宝，就做了这个工作，之后我去了冷泉港实验室，是在冷泉港投得稿。工作是在南农做的，但当时成海的单位应该写上清华。
3. 应邀为advances of insect physiology杂志写了一个综述
这个杂志其实是一本书，文章都是邀请的。我差点与此综述失之交臂。一是这个杂志给我发邀请函时，我看了一眼之后就没有太在意，现在邀请投稿的邮件实在是太多了。收到大约有一个多月后，我偶然再看这封信，发现这是一个比较好的杂志的正式的邀请函（这个杂志曾经有过影响因子10.5的光辉业绩，位列所有昆虫学杂志的第二和生理学的顶级杂志之一）, 于是赶紧回邮件，接了此活。二是不会写这么长的综述，太年轻，不敢对别人的软件之类的进行评论，编辑不满意，重写，才通过的。可惜文章刚校稿，杂志规定还不能公开，只能给杂志链接了：http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00652806。
4. Frontier in genetics 邀请做了一个review editor
请我做Frontier in noncoding RNA的review editor，到现在也不明白这是不是就是简单的reviewer,还是editor，干嘛还要有一个review editor，我也帮RNA, plus one， BMC之类的杂志审过稿，好象只是邀请一下而已，不管如何，还是高兴的嘛。
2003 开始就一直在做小RNA， 算法开发、发现、转录、启动子，也没有大的成果。昔日的合作对象都高飞了，我却情困于南京而不得所获。其他分子生物学领域的工作也没有突破性的进展，虽然也有文章，在拼点数的年代，不占优势。
2012年开始将告别这一领域，换个思路换个方向。
耕耘于金陵
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