microRNA的分析过程：
microRNA测序数据分析选用软件miRDeep，关于这个软件，有文章：
Discovering microRNAs from deep sequencing data using miRDeep,Nature Biotechnology 26, 407 - 415 (2008)  
引用次数：251次 
链接：http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n4/abs/nbt1394.html

分析流程如下：
第一步 去接头！（如果你的测序数据是等长的，远大于microRNA的长度18~26的话，那肯定没去过接头）
$  mapper.pl $file  -d -h -i -j -k $adapter -l 18 -m -s $file.collapsed
第二步 回贴  将去过接头的reads回贴回参考基因组
$  mapper.pl $file.collapsed -c -p $genome  -t $file.aln
第三步 鉴定miRNA  已知的miRNA或是新的miRNA都会被鉴定出来，而且表达量也会报出
$  miRDeep2.pl $file.collapsed $genome.fa $file.aln $mature.fa $homology.mature.fa $pre.fa -t $species.name -c 2>$file.report.log
第四步  如果你有一个miRNA的集合 先跳过第三步直接做定量的话

$  quantifier.pl -p $pre.fa -m $mature.fa. -r $file.collapsed -U &