MEGA是一个用于多序列比对和可视化、以及构建系统发育树的免费程序。自1993年发布以来，MEGA共更新9个版本 (没有第八、九版)，今年发布的MEGA 11为处理更大的数据集进行了优化。

   可根据电脑系统选择下载，可支持Win、Mac和Linux系统。下载链接如下：https://www.megasoftware.net/

   下载完成后全部默认安装即可。

点击"Edit"，选择"Insert Sequence From File"导入我们需要比对的序列，序列文件格式为.fasta格式。

   对目标序列进行多序列比较，可以使用ClustalW和MUSCLE，这里我们选择ClustalW，调整参数(一般用默认参数)，即可完成多序列比对。

   比较结果如图所示

   最后点击"Data"选择"Save Session"，保存序列比对的结果。

   点击"Data"，选择"Phylogenetic Analysis"进行系统发育分析。

   返回主页面，点击"PHYLOGENY"，构建系统发育树主要有三种方法，分别是最大似然法 (Maximum Likelihood)、邻接法 (Neighbor-Joining) 和最小进化法 (Minimum Evolution)。 

   调整参数，选择自展值，即重复构建进化树以进行检验的次数，一般选择 1000 以上比较可靠。点击 OK 。即可完成系统发育树的构建。

   可以用鼠标双击选中发育树，修改发育树中的文字。

   点击"Copy to Clipboard"可保存为多种图片格式 (PDF、PNG、TIFF等)，还可以选择"Copy to Clipboad"，直接复制到word中进行图片编辑(wps不可以)。

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