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如何对一个或多个asreml模型结果进行批量pin计算

已有 2374 次阅读 2019-9-3 16:54 |个人分类:ASReml|系统分类:科研笔记

本文链接:https://blog.csdn.net/yzhlinscau/article/details/100519053
               
1 pin.batch
用于单个asreml模型结果的批量pin计算,用法如下:

## S3 method for class 'asreml' 
pin.batch(object, mulp, digit = 4, signif = FALSE,Rres = FALSE)   
---- object :asreml模型运行结果;   
---- mulp :pin计算公式;   
---- digit:保留小数点位数;   
---- signif:是否输出显著性检验结果;   
---- Rres:把pin批量结果返回为数据框。



简单示例如下:

pkgs<-c('asreml','AAfun4')
lapply(pkgs,library,character.only=TRUE)
fm1a.asr<-asreml(h5~1+Rep, random=~Fam, subset=Spacing=='3',data=PrSpa)
bp1<-c(h2 ~4*V1/(V1+V2),H2~V1/(V1+V2/4))
pin.batch(fm1a.asr,mulp=bp1)



运行结果如下:

> pkgs<-c('asreml','AAfun4')
> lapply(pkgs,library,character.only=TRUE)
Loading required package: 
MatrixLoading required package: crayon
[]==================================================================[]
[]   ASReml-R Added Functionsv4 in R (AAfun4)2.0.1 (2019-08-28)  []
[]   Author: YuanZhen Lin                                      []
[] Dedicated to South China Agricultural University      []
[]   Type 'citation('AAfun4')' to know how to cite AAfun4 []
[]==================================================================[]
AAfun4 is not free any more, user should pay RMB 100 for it.
If you wanna use AAfun4, please email me(yzhlinscau@163.com).
Please do not share AAfun4 with anyone without my permission.

> pin.batch(fm1a.asr,mulp=bp1)
pin batch results are as following:
   Esmate    SE
 h2 0.3061 0.12397
 H2 0.2490 0.08199


2 pin.batch2
用于多个asreml模型结果的批量pin计算,用法如下:

## S3 method for class 'asreml'
pin.batch2(..., mulp, digit = 4, signif = FALSE,Rres = FALSE)
---- ... :多个asreml模型运行结果;   
---- mulp :pin计算公式;   
---- digit:保留小数点位数;   
---- signif:是否输出显著性检验结果;   
---- Rres:把pin批量结果返回为数据框。


简单示例如下:
fm1a2.asr<-update(fm1a.asr,fixed=h3~1+Rep)
pin.batch2(fm1a.asr,fm1a2.asr,mulp=bp1)


运行结果如下:

pin batch results are as following:

$`fm1a.asr`      
      Esmate     SE
h2 0.3061191 0.12396628
H2 0.2489604 0.08199425

$fm1a2.asr      
      Esmate     SE
h2 0.3080801 0.12496889
H2 0.2502560 0.08246001

 




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