Note: AFEchidna包最新版本为1.62，相应的github版本并未实时更新。

update: 2022-04-06th

1 AFEchidna包的在线安装

2 AFEchidna包的使用设置

3 Echidna软件的更新方法

4 AFEchidna包的使用示例

   4.0 如何生成.es0文件

   4.1 单变量模型

   4.2 单变量的批量分析

   4.3 多变量模型

   4.4 多变量的批量分析

   4.5 多种随机效应的批量分析

   4.6 多种残差效应的批量分析

   4.7 随机效应显著性和模型比较

   4.8 固定效应显著性检验

   4.9 阈性状的分析

   4.11 批量计算基因组关系矩阵和运行Gblup分析

   4.12 非正态分布变量的多性状模型

   4.13 非正态分布变量的批量分析

   4.14 添加权重变量

   4.15 update的妙用

   4.16 计算各种遗传参数及其标准误差

   4.17 空间分析模型

   4.18 多环境模型(待更新)

   4.19 复杂模型

   4.20 自交率模型

5 AFEchidna包的内置函数

   5.1 Var函数(待更新)

   5.2 plot函数(待更新)

   5.3 pin函数(待更新)

   5.4 wald函数(待更新)

   5.5 coef函数(待更新)

   5.6 update函数(待更新)

   5.7 model.comp函数(待更新)

   5.8 predict函数(待更新)

   5.9 IC函数(待更新)

6 示范案例

   6.1 半同胞家系(待更新)

   6.2 全同胞家系(待更新)

   6.3 无性系数据(待更新)

   6.4 析因交配(待更新)

   6.5 双列杂交(待更新)

   6.6 空间分析(待更新)

  6.7 多点数据(待更新)

7 AFEchidna包的github官网

8 AFEchidna包的问题集锦

待续… …

参考文献：

Zhang WH, Wei RY, Liu Y, Lin YZ. AFEchidna is a R package for genetic evaluation of plant and animal breeding datasets. BioRxiv. DOI: 10.1101/2021.06.24.449740.

首发博文地址：https://blog.csdn.net/yzhlinscau/article/details/123011723