中文PubMed网分享 http://blog.sciencenet.cn/u/chinapubmed


    • 生命科学->遗传学与生物信息学->生物信息学

    扫一扫,分享此博客主页
[转载]【转载】miRNA命名,数据库等 2019-03-17
MicroRNA (miRNA)  是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 m ...
(157)次阅读|(0)个评论
省钱了,以后chip-seq不用做control了!用机器学习替代ChIP-seq中的control 2019-03-17
ChIP-seq是鉴定转录因子结合的一种常用技术,但存在背景信号,传统做法是用一个对照(control)数据集进行校正,去掉背景信号,但是对照也存在“bias”:一套对 ...
(222)次阅读|(0)个评论
[转载]MWASTools -- 一个全代谢组关联研究R/Bioconductor包 2019-03-15
MWASTools是一个整合分析大规模流行病学研究中代谢组数据的R包。 关键功能包括:质控分析;使用各种模型(部分相关,广义线性模型)进行全代谢组关联分析;统计 ...
(192)次阅读|(0)个评论
[转载]Kart -- 一个分而治之NGS read比对算法,适合于long reads 2019-03-14
下一代测序(Next-generation sequencing,NGS)提供了巨大的机遇以核苷酸分辨率研究全基因组变异。由于巨大的数据量,NGS应用需要非常快速且准确的比对算法 ...
(121)次阅读|(0)个评论
[转载]Tomato Expression Atlas -- 番茄表达地图 2019-03-13
随着新的高通量DNA测序技术的发展和递减的成本,大量基因表达数据集正在以加速产生,但是是复杂难以可视化的。需要新的,更加交互和直观的工具以可视化表达数据 ...
(193)次阅读|(0)个评论
[转载]m6aViewer -- 从m6A-seq/MERIP测序数据中检测、分析和可视化N6甲基腺苷峰 2019-03-13
m6A为一种在基因表达中具有关键调控作用,并且可能在人类疾病中起作用的动态修饰。然而,分析m6A测序数据的生物信息学资源仍然是有限的。 m6aViewer -- ...
(165)次阅读|(0)个评论
[转载]AutoCirc -- 更快地鉴定RNA-seq数据中的环状RNA(circRNAs) 2019-03-13
AutoCirc从RNA-seq数据中自动鉴定潜在circRNA的反向剪接位点。核心算法是C++实现的,用Perl包装,在相同计算环境下,比其他circRNA检测算法更快。AutoCirc用来 ...
(133)次阅读|(0)个评论
[转载]Splatter -- 模拟单细胞RNA测序数据 2019-03-12
Splatter Bioconductor包,用于简单,可重复和良好记录的scRNA-seq数据的模拟。Splatter基于γ-泊松分布,为多种模拟方法(包括Splat、Simple、Lun、scDD和BA ...
(193)次阅读|(0)个评论

查看更多

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2019-3-19 14:11

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部