科学网

 找回密码
  注册
搜索
热搜: 科学 论文
搜索
分享 Low bootstrap value in phylogeny
彭友松 2017-1-13 16:37
Referred from websites https://www.biostars.org/p/13535/ https://www.researchgate.net/post/Interpretation_of_low_Bootstrap_value In general, you should (1) get the protein sequences*, (1a) remove pseudogenes if you can, (2) align them (clustalX), (3) manually select conserved region(s), ...
个人分类: 生物信息学与计算生物学|1641 次阅读|没有评论
分享 Ubuntu 中EMBOSS的安装
彭友松 2017-1-3 15:14
换了系统, 之前安装的EMBOSS没法用了,只好重新安装。过程很简单,首先从ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/下载EMBOSS的压缩包,然后解压和编译,如下: gunzip EMBOSS-6.6.0.tar.gz tar xvf EMBOSS-6.6.0.tar 进入解压之后的目录,编译: ./configure make sudo make install 安装完成后测试一下: ...
个人分类: 生物信息学与计算生物学|2340 次阅读|没有评论
分享 从NCBI批量下载序列
彭友松 2016-12-30 23:16
好久没有玩过大量序列了,发现之前的脚本不管用了,所以从bing上又学习了一遍。下面是一位大神总结的几种最简单的方法。From https://edwards.sdsu.edu/research/ncbi-sequence-or-fasta-batch-download-using-entrez/ Three easy ways to download multiple sequences from NCBI There are different ways of how to d ...
个人分类: 生物信息学与计算生物学|3897 次阅读|没有评论
分享 怎样理解具有边际效应的SNP相互作用
彭友松 2016-3-1 10:50
边际效应是指自变量的变化对于因变量的影响。比如下面这个例子。当你饿的时候,买了4个馒头,第一个馒头对你的边际效应最大,因为那时候你最饿,愿意花更多的钱买它;第二个 对你的边际效应也很大,但相对于第一个少了很多;当到第三个和第四个的时候,边际效应已经很少,甚至为0或者负值了。在SNP相互作用影响复杂疾病的 ...
个人分类: 生物信息学与计算生物学|1679 次阅读|没有评论
分享 Beast中beagle库的使用
热度 1 彭友松 2015-1-28 15:09
怎样安装beast和beagle就不多说了,在beast的官网上有详细的说明,现在关心的是如何使beast能够使用beagle。 在windows下,首先找到beagle安装目录,比如在C:/Program Files/Common Files/libhmsbeagle/。然后设置环境变量如下: 右键点我的电脑。打开属性。然后选择“高级”里面的“环境变量”,在新的打开界面中的系 ...
个人分类: 生物信息学与计算生物学|4069 次阅读|1 个评论 热度 1
分享 rasmol中的颜色
彭友松 2013-12-11 13:18
可以直接用用rasmol中指定的颜色,如下所示: Color Name Triple Color Name Triple blue black cyan green greenblue magenta orange ...
个人分类: 生物信息学与计算生物学|1969 次阅读|没有评论
分享 在Ubuntu中安装Bioperl
彭友松 2013-11-6 18:11
1 下载Bioperl包 http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl-1.6.1/BioPerl.pm 2 解压缩,进入该文件夹 3 先获取root用户权限: sudo -i 然后 在命令行运行: perl Build.PL ./Build test ./Build install 安装成功!
个人分类: 生物信息学与计算生物学|4875 次阅读|没有评论

本页有 3 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2018-7-20 14:46

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007-2017 中国科学报社

返回顶部