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如何拼接12Sr rRNA、16S rRNA序列进行系统发育树构建
熊荣川
分子系统学经常使用12Sr rRNA、16S rRNA进行物种系统发育树的构建,分别使用任何一个,信息量都显得较小。因此,在两序列的具有的情况下,最好将两序列拼接然后进行系统发育树构建。 通常,12Sr rRNA、16S rRNA在线粒体上位置较为接近,但却并非首尾相连,中间隔着一些转运RNA基因,加之基因重排因素,导致这些间断序列有较大的差异,尤其是在大尺度的系统发育分析案例中。因此较为科学的方法是,对12Sr rRNA、16S rRNA分别比对,将比对后的序列进行拼接。拼接方法如下(前提条件是两组序列的物种组成一致) 将12S、16S序列分别导入BioEdit( ),使用同样的方法进行序列排序(序列->分类->按标题),保存序列。
图1
然后使用meg4.0打开12S,在序列第一行最后一个无碱基空白处单击鼠标(图3 B),粘贴,拼接就完成了。
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