如何拼接12Sr rRNA、16S rRNA序列进行系统发育树构建

熊荣川

分子系统学经常使用12Sr rRNA、16S rRNA进行物种系统发育树的构建，分别使用任何一个，信息量都显得较小。因此，在两序列的具有的情况下，最好将两序列拼接然后进行系统发育树构建。

通常，12Sr rRNA、16S rRNA在线粒体上位置较为接近，但却并非首尾相连，中间隔着一些转运RNA基因，加之基因重排因素，导致这些间断序列有较大的差异，尤其是在大尺度的系统发育分析案例中。因此较为科学的方法是，对12Sr rRNA、16S rRNA分别比对，将比对后的序列进行拼接。拼接方法如下（前提条件是两组序列的物种组成一致）

将12S、16S序列分别导入BioEdit（   ），使用同样的方法进行序列排序（序列->分类->按标题），保存序列。

然后使用meg4.0打开12S，在序列第一行最后一个无碱基空白处单击鼠标（图3 B），粘贴，拼接就完成了。