药物残留是由于农药、兽药的不合理应用、滥用，以及环境污染问题比较严重，造成畜禽产品中农药、兽药和重金属普遍严重的超标。兽药残留危及人体健康，主要表现为变态反应、细菌耐药性、三致作用（致癌、致畸、致突变）以及激素（样）作用等，也给畜牧业经济造成了极大的负面影响。
随着人们生活水平的提高，绿色、健康、无残留的畜禽及其产品越来越受到欢迎。尤其是入世后，食品安全问题正在不断引起人们的关注，市场正呼唤健康、安全的畜禽及其产品。
药物残留超标是在畜禽饲养整个过程中形成的。因此，只有采取综合性措施，对畜禽饲养的各个环节进行药物残留控制，才能从根本上控制药物残留。
1、 要加强环境管理， 做好畜禽卫生保健。
要加强饲养畜禽的兽医卫生管理工作，利用和创造适宜的生态环境，注意环境整洁、饮水清洁，减少细菌病毒的感染机会，切断疫病的传播途径，严格控制各种疾病的发生，保证畜禽健康成长。对畜禽饲养场选址、设计要符合动物防疫要求，取得动物防疫监督机构核发的《动物防疫合格证》，进行注册登记。
2．坚持预防为主，防止畜禽发生疫病。
在饲养畜禽过程中，要坚持预防为主的原则，使用科学的免疫程序、用药程序、消毒程序、病畜禽处理程序，搞好消毒、驱虫等工作。有的畜禽传染病只能早期预防，不能治疗，要做到有计划、有目的适时使用疫（菌）苗进行预防，及时搞好疫（菌）苗的免疫注射，接受国家实施的强制免疫和计划免疫，搞好疫情监测。防止畜禽发生疫病，避免动物发病用药，确保畜禽及产品健康安全、无残留。
3、坚持治疗为辅，及时淘汰病畜禽。
一旦畜禽发病，要及早淘汰病畜禽。必要时可添加作用强、代谢快、毒副作用小、残留最低的非人用药品和添加剂，或以生物学制剂作为治病的药品，控制畜禽疾病的发生发展。发生传染病时要根据实际情况及时采取隔离、扑杀等措施，以防疫情扩散。
4、要用安全无残留的药物。
需要治疗时，在治疗过程中，要做到合理用药，科学用药，对症下药、适度用药，只能使用通过认证的兽药和饲料厂生产的产品，避免产生药物残留和中毒等不良反应。尽量使用高效、低毒、无公害、无残留的“绿色兽药”，治疗用药要在兽医人员指导下规范使用，不得滥用。
5、要由兽医用药。
对畜禽用药时，要在正式兽医指导下合理用药，不得私自用药。用药必须有兽医的处方，处方上的每种药必须标明休药期，饲养过程的用药必须有详细的记录。
要了解兽药的常识，要选择成本低、效果好、副作用小的兽药，如生物制剂的疫（菌）苗等，选择正规和信誉度较好的兽药生产单位的产品，了解兽药的有效成分、作用、用途和注意事项，认识掌握畜禽病情、病因准确用药。
6、要有用药记录。
要对免疫情况、用药情况及饲养管理情况进行详细登记，必须按照兽药的使用对象、使用期限、使用剂量以及休药期等规定严格使用兽药。遵守用药规定，及时停药。必须填写“用药登记”，其内容至少包括用药名称、用药方式、剂量、停药日期，并将处方保留五年作证据。
7．不使用违禁药物。
饲养畜禽过程中要严格用药管理，要严格执行国家有关饲料、兽药管理的规定，严禁在饲养过程中使用国家明令禁止、国际卫生组织禁止使用的所有药物，如：乙烯雌酚、盐酸克伦特罗和氯霉素等，不得将人畜共用的抗菌药物作饲料添加剂使用，宰前按规定停药。对允许使用的药物要按要求使用，并严格遵守休药期的规定。
对没有禁止使用的锌杆菌***、螺旋霉素、维及尼霉素和泰乐菌素要慎用。因为食用含有这类抗菌素的肉，可能使人体增加抗药性，最终使这些抗生素对人失效。
6．要正确使用饲料。
要按照不同畜禽、不同的生长阶段，使用不同的饲料。不应将含药的前、中期饲料错用于动物饲养后期，不得将成药或原药直接拌料使用。不得在饲料中自行再添加药物或含药饲料添加物，确有疾病发生，应在专业人员指导下合理用药。
8、要定期进行药物残留监测。
在饲养畜禽的整个过程中，要定期对水样、饲料、畜禽粪便、血样及有关样品进行药物残留监测，及时掌握用药情况，以便正确采取措施，控制药物残留。
9．要遵守药物的停药期。
要按照有关规定要求，根据药物及其停药期的不同，在畜禽出栏或屠宰前，或其产品上市前及时停药，以避免残留药物污染畜禽及其产品，进而影响人体健康。
10．要适时出栏和上市。
饲养畜禽，必须在规定停药期后，并取得当地兽药管理部门发放的《畜禽产品兽药残留检验合格证》和《用药卡》方可出栏，在休药期未到时，不得出售畜禽供人食用。
一般情况下，畜禽免疫注射死苗7天后无并发症才能屠宰食用，免疫注射活苗21天后无并发症才能屠宰食用；应用抗生素、磺胺药治疗疾病的畜禽，其肉、奶在停药3天以上才能食用。