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对生物信息学新入学研究生的建议2(如何做好第一个小题目)
古槿 2014-10-24 14:07
如何做好第一个小题目 1、搞明白要解决什么问题或者最后的目标是什么。跟导师(或指导你的师兄师姐)讨论,同时自己应主动学习相关的资料和文献,如要分析的数据是什么格式,是否有相关的参考文献,有哪些要用到的工具? 2、了解数据和工具。生物信息学题目通常都会接触到大量的数据和工具,对于新手而言 ...
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对生物信息学新入学研究生的建议-1
古槿 2014-10-24 13:11
对生物信息学新入学研究生的建议-20141024 1、看文献和参考书。知识与新想法来自于哪里?除了组内交流和学术报告外,绝大多数来自于平时的文献和参考书。最开始的读文献可以不局限于某个很小的领域,或者单纯依赖导师提供文献,而是应该围绕某一话题(掌握几个关键字)进行系统的调研,PubMed、Google Schola ...
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利用差异基因表达模块识别抑癌的miRNA
热度 1 古槿 2014-10-5 21:40
miRNA是一种内源性的起重要调控功能的非编码RNA,发现能起到抑癌作用的miRNA对理解癌症的基因调控网络、发展新的癌症干预方法重要的意义。能对在癌组织中发生差异表达的基因起到广泛调控作用的miRNA可以被认为是与癌的发生发展相关的miRNA,但由于癌细胞中调控网络的复杂性,直接分析miRNA靶基因在差异表达基因中的富集度 ...
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【疾病组学数据整合分析方法-1】Cell:Autism共表达基因网
古槿 2014-8-22 12:04
Willsey et al. Coexpression networks implicate human midfetal deep cortical projection neurons in the pathogenesis of autism. Cell 2013, 155:997-1007. 基因组、表观基因组、转录组、蛋白质组、代谢组等组学数据是对复杂疾病不同层次的采样,如何有效的进行数据整合分析,进而得到有生物医学意义的发现是当前 ...
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生物信息学、系统生物学与计算生物学相关杂志影响因子
古槿 2014-7-30 07:36
Molecular Systems Biology 14.099 Genome Research 13.852 Genome Biology 10.465 Bioinformatics 4.621 BMC Bioinformatics 2.672 Genomics 2.793 BMC Genomics 4.041 Molecular BioSystems 3.183 BMC Systems Biology 2.853 Nucleic Acids Research 8.808 PLoS Computational Biology 4.829 PLoS ONE ...
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基于网络传播模型推断肿瘤相关的miRNA调控网络
古槿 2014-7-29 10:08
要点: 1、miRNA是一类重要的调控因子,miRNA调控网络的异常变化与多种疾病密切相关,通过观察miRNA靶基因及其下游基因网络的表达变化,可以反向推断出在疾病中(如恶性肿瘤)发生异常变化的miRNA调控网络; 2、与之前的模型相比,NPmiR(network propagation based miRNA inferences)方法考虑了miRNA的扰动对整个 ...
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miRNA数据库资源(动态更新)
古槿 2014-5-6 08:17
miRBase http://mirbase.org/ miRNA标准数据库,标准序列、命名 TargetScan http://www.targetscan.org/ miRNA计算预测靶基因数据库,主要考虑3'-UTR与miRNA的seed区域互补的保守性,也考虑context信息 miRTarBase http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/ 实 ...
个人分类: 科研笔记|2804 次阅读|没有评论

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