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对生物信息学新入学研究生的建议2(如何做好第一个小题目)

已有 3271 次阅读 2014-10-24 14:07 |系统分类:教学心得| 研究生, 生物信息学

如何做好第一个小题目

1、搞明白要解决什么问题或者最后的目标是什么。跟导师(或指导你的师兄师姐)讨论,同时自己应主动学习相关的资料和文献,如要分析的数据是什么格式,是否有相关的参考文献,有哪些要用到的工具?

2、了解数据和工具。生物信息学题目通常都会接触到大量的数据和工具,对于新手而言这是入门的第一关。预备,Notepad++或Ultraedit等文本编辑工具是必须要安装的,否则你可能连大一点的文献都打不开,当然Linux/R语言的基本操作也必须学会,否则很多软件包都运行不了(R语言有一本参考书《R语言实战》)。首先,仔细浏览拿到的数据,了解基本格式信息,了解数据的来源和特点(什么数据?是microarray的还是测序的?是基因组数据还是转录组数据?是离散的?连续的?还是[0,1]区间的?等),是原始数据还是某种软件处理后的数据?然后,下载学习完成任务需要用到的一些分析工具。

3、制定详细工作计划(非常关键的一步!)。根据手头的数据和要完成的目标,尽可能详细的制定工作计划,比如1)先要用RMA软件对.CEL原始数据进行处理得到。。。,然后2)基于平台注释得到基因表达值;3)差异表达基因分析;4)提取差异表达基因的信号值;5)运行xxx软件;6)。。。当然,最开始制定的计划可能有不完善或者不对的地方,可以根据后续进展动态调整。计划制定出来后应及时与有经验的人讨论,修改不合理的地方。

4、按照制定的计划进行分析。遇到问题首先要详细的记录,通过查阅资料、询问周围老师同学解决问题,计划不完整的地方需要动态补充,不对的地方需要修改。建议设计阶段性的截止时间,否则任务进度会很慢。

5、以书面的形式记录任务进行情况和遇到的问题并及时与导师或直接指导的师兄师姐讨论。

6、按照以上几点,相信大家都能又快又好的完成第一个题目。




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