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热搜: 科学 论文
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分享 使用Biopython解析Blast结果
卢锐 2018-7-19 15:57
同一个比对结果: format 0: format 6: format 5: 第 1 种格式适合人看,机器识别起来较困难,第 6 种(或第 7 种)格式使用也较多,但是遗憾的是信息不全。第 5 种格式是标准的 XML 格式,人看起来不方便,但机器似乎很喜欢识别这种格式,这篇博文重点使用 Bio.Blast.NCBIXML ...
个人分类: Metagenomics|1664 次阅读|没有评论
分享 Alpha多样性指数之Chao1指数
热度 1 卢锐 2017-9-8 19:44
1. 准备 在认识 Chao1 指数前有两个概念需要理清: singletons ,即仅含有一条 read 的 OTU , doubletons ,即仅含有两条 reads 的 OTU 。 可以这样理解:在一个放了各种各样玩具模型的水池中(例如下图。水池很大,其中玩具有相同的,有不同的,且各种类型及数目不限),随机来捞 ...
个人分类: Metagenomics|16460 次阅读|1 个评论 热度 1
分享 Alpha多样性指数之simpson指数
热度 1 卢锐 2017-8-4 16:56
在查阅过一些材料文献后,发现此处 〔1〕 讲解得最为通俗透彻,故摘取精要,将其翻译出来,如有翻译不当处,麻烦大家指正,谢谢! # ======================= 译文开始 ============================= Biological diversity - the great variety of life ! 在探索 simpson 指数之前,我们需 ...
个人分类: Metagenomics|11556 次阅读|1 个评论 热度 1
分享 Alpha多样性指数之shannon指数
热度 2 卢锐 2017-8-3 20:10
shannon 指数可以回答样本各物种均一性如何。 它的计算公式如下: 公式中 s 即 OTU 数目, pi 即第 i 个 OTU 的占比。 例如有三组样本: A 组: OTU1, OTU2, OTU3, OTU4 分别有 3, 4, 6, 7 条序列 B 组: OTUa, OTUb, OTUc, OTUd 均有 5 条序列 C组: ...
个人分类: Metagenomics|10295 次阅读|2 个评论 热度 2
分享 alpha rarefaction curve 解析
卢锐 2017-8-3 09:11
Alpha rarefaction curve主要用于检测测序量是否充足。这里用到的方法是逐步扩大随机抽样的样本容量,如果样本容量扩大了但曲线再无变化(准确来讲,变化非常微小)时,则认为测序量已充足,再增加测序量,样本的 alpha 多样性指标也不会有太多的变化,即样本 alpha 多样性指标达到稳定。 PD_whole_tree , ...
个人分类: Metagenomics|3570 次阅读|没有评论
分享 QIIME中jackknifed_beta_diversity.py程序的运行过程
卢锐 2017-8-1 20:40
1. Beta Diversity (weighted_unifrac, unweighted_unifrac) beta_diversity.py -i pick_otus/otu_table.biom -o jackknifed/unrarefied_bdiv -t pick_otus/rep_set.tre 从所有 OTU table 和 tree 中计算 beta 多样性距离矩阵 运行完在 jackknifed/unrarefied_bdiv/ 文件夹下生成两个文件: unw ...
个人分类: Metagenomics|2784 次阅读|没有评论
分享 rank abundance 解析
卢锐 2017-8-1 20:16
在16S rRNA扩增子分析中,rank abundance已经是必备的一项分析内容。它可以从OTU的层面总体的反映出物种的分布情况(丰度和均匀度)。如下图: 大多数资料只会对横纵坐标进行解释: x轴反映的是各物种的丰度,物种丰度越高,样本落在x轴上的区间越大,如上图中Group5的物种丰度高于Group1; 整体来看,如 ...
个人分类: Metagenomics|4026 次阅读|没有评论
分享 QIIME安装及设置
卢锐 2017-5-21 11:25
在微生物基因组扩增子测序领域,QIIME可谓是一道标杆。QIIME全称Quantitative Insights Into Microbial Ecology,主要由美国科罗拉多大学Rob Knight实验室的一帮牛人开发的。编程语言主要为Python,官方提供的引文为 J Gregory Caporaso, Justin Kuczynski, Jesse Stombaugh, et al. QIIME allows analysis of high-throu ...
个人分类: Metagenomics|7988 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2019-7-24 12:27

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