同一个比对结果：

format 0:

format 6:

format 5:

第1种格式适合人看，机器识别起来较困难，第6种（或第7种）格式使用也较多，但是遗憾的是信息不全。第5种格式是标准的XML格式，人看起来不方便，但机器似乎很喜欢识别这种格式，这篇博文重点使用Bio.Blast.NCBIXML解析Blast第5种格式（XML格式）。

for record in NCBIXML.parse(open(blast_fmt5.xml))

其中record有descriptions，alignments，multiple_alignment列表对象， 还有Blast，Header，DatabaseReport和Parameters方法。

列表对象可以通过循环获取到，例如：

for element in record. descriptions

其中element有title，score，bits， e和num_alignments对象组成。

在record的desciptions对象中，给出了Subject ID，bitscore值，evalue值等信息

 for element in record.alignments

其中element有title，hit_id，hit_def，length和hsps组成。

其中title与descriptions里的title相同，hit_id不是subject id而且自编的一个id，hit_def即subject id。

其中最重要的是hsps，它可以再用一个循环获得。

for hsp in element.hsps

按照以下代码将其中query，match和sbjct打印出来（一行一个）如下：

代码如下：

当不清楚如何的对应关系时，可以查看xml文件，如下：

例如：当不清楚subject序列id号是什么时，可以

grep [Subject ID] blast5.xml

但是很坑的是，很难找到query id，因为它并没有在文档中给出，甚至连help(record)也看不到，而且用上面grep [query id] blast5.xml的方式搜索出来的是query-def，但是用query_def会报错，因为根本就没有这个属性！

原来，它藏在record中的属性中，通过record.query提取出来！

还有一个SearchIO更好用，先mark一下，等整理出来再分享