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  • 生命科学->遗传学与生物信息学->微生物遗传学

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Hi-C数据比对软件HiCPro的安装与使用 2019-05-31
1. 安装 目前最新版的是 2.11.1 版。注意:不要安装 2.10.1 版,新版本 2.11.1 版在 2.10.1 版上有重大更新, 2.10.1 版的 iced 无法 ...
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Hi-C分型绝招之HapCUT 2019-04-27
为什么要分型?在临床上,单体型 (Haplotype) 对器官移植时 Donor-host 匹配很关键;通过单体型上的分析也可以发现两个缺失变异是否来自同一个 Allele ...
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MUMmer4的安装与使用 2019-04-22
在目前的文章中,基因组共线性分析dotplot图几乎全部是用MUMmer或者LAST做的。相比对LAST,MUMmer生成的图似乎更加美观,特别是当fasta id比较长时,last-plot ...
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HiCUP的使用以及结果解读 2019-01-30
1. HiCUP 安装 HiCUP 需依赖 Perl , Bowtie/Bowtie2 , R 以及 Samtools 在官网 http://www.bi ...
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采用Stacks2分析RADseq数据[无参] 2018-07-29
Stacks2 的安装: Stacks 目前最新版是 2.1 版。在安装前需用以下命令确认一下电脑上的 gcc 版本,因为 Stacks2.1 需要 gcc 4.9.0 及以 ...
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使用Biopython解析Blast结果 2018-07-19
同一个比对结果: format 0: format 6: format 5: 第 1 种格式适合人看,机器识别起来较困难,第 6 种(或第 7 种)格 ...
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Nanopore basecalling之Albacore 2018-07-17
使用 Nanopore MinION 测序,当电脑跟不上时(如果采用笔记本来测,建议价格在1w以上的),测序会断掉。这时如果保留有 fast5 文件,还可以救——手动 ...
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比对算法的原理及代码实现 2018-05-04
      这篇博文以简化的 Needleman-Wunsch 比对算法为例详解比对算法的原理及代码实现。 Needleman-Wunsch 算法是最著名的全局比对算法,在此 ...
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