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贝叶斯随记
热度 1 储诚进 2009-9-7 09:45
很长时间没有更新博客了,不是因为懒,确实没有东西可以写。之前在这里写过几篇有关贝叶斯统计的文章,现在回头看看,当时是在很多东西都没有弄懂的情况下就动笔了(应该还没到误人子弟的地步)。最近又重新梳理了一遍,看了很多的资料,系统的学习了一遭。一周的时间,感觉收获非常大,之前很多迷糊的、不清不楚的、似是而 ...
个人分类: 生活点滴|6183 次阅读|4 个评论 热度 1
光竞争与物种多样性降低 (Yann Hautier)
储诚进 2009-5-3 00:03
蒙Planta上的资源,昨天阅读了Hautier et al.(2009)Science上的文章。太熟悉这块了,以至于一口气读完。 施肥之后,草地群落的多样性一般都会下降,而对于下降的原因,一直说法不一:土壤酸性提高、枯枝残留物的累计、养分资源的竞争、光资源的竞争。通常来看,土壤养分的竞争一般被认为是对称的(没有定 ...
个人分类: 生活点滴|7332 次阅读|没有评论
频度与贝叶斯――白猫黑猫?(修正版)
热度 1 储诚进 2009-5-1 21:57
频度与贝叶斯――白猫黑猫?(修正版) 储诚进 兰州大学 以下所记,只是自己在学习贝叶斯期间的灵光闪现的心得与感受,混杂了频度统计与贝叶斯统计,或对或错,故放亮你的眼睛,呵呵。侧重于粗略的线条,具体细节未述。 主要从下面几个方面,大 ...
个人分类: 生活点滴|10396 次阅读|4 个评论 热度 1
个体异质性能否促进物种的共存?
储诚进 2009-4-29 09:21
关于物种共存的机制,这些年江湖上可谓是腥风血雨,不同门派尽出招数。自Hubbell中性理论的大作问世,中性派人才辈出,Nature、Science成了他们的后花园;近中性派也顺势崛起,领军人物当属北师大的张大勇老师。中性与近中性之争基本上还是门派内部的争论,本质上还是源于一宗。 当群落生态学界大部分人都在中性理论上 ...
个人分类: 生活点滴|6500 次阅读|没有评论
贝叶斯在生态学中的应用举例
储诚进 2009-4-8 07:47
刚开始接触贝叶斯分析时的时候,通常都会觉得这玩意遥不可及,很玄很虚,MCMC上10000步,然后给你个结果。再加上贝叶斯的优势在于解决复杂的问题(不同来源的不确定性、随机性等),会让人感觉学习这玩意到底会有什么用处,自己以后会碰上这么复杂的问题吗?下面给出一些细小的事例,看看生态上哪些方面可以用得上: 1. ...
个人分类: 生活点滴|8091 次阅读|没有评论
贝叶斯分析在生态学中应用讨论群
储诚进 2009-4-1 11:30
QQ群号:35044310。 主要内容涉及贝叶斯分析在生态学及环境学科方面的理论与应用。涉及到的主要软件为R和BUGS系列。 关于贝叶斯对于生态学的意义,可以参考Ecological Applications最新(四月份)的Forum(感谢jiaojiaojing推荐)。
个人分类: 生活点滴|4930 次阅读|没有评论
WinBUGS和R在贝叶斯分析方面的细微差别
储诚进 2009-3-30 05:01
最近在做一个project。之前没有注意这个问题,因为都是随便看看,没有自己动手。这次自己动手写R代码和WinBUGS代码,问题就出来了。因为最初是从WinBUGS接触贝叶斯分析的,所以对WinBUGS语言规范更熟悉,所谓的先入为主吧。在WinBUGS中,如果你没有explicitly给出待估计参数的初始值,WinBUGS本身会从先验分 ...
个人分类: 生活点滴|8789 次阅读|1 个评论
贝叶斯state-space模型
储诚进 2009-3-20 03:34
最近在学time-series model,偶的天,这玩意真是复杂!频度方法怎么看都没懂,一会儿移动平均,一会自回归,还有方差-协方差矩阵。。。。掠过。 转到贝叶斯方法,感觉好多了。贝叶斯关于时间序列的模型,是基于过程模型(process equation)和观察模型(observation equation)之上的。在每个水平上,都可以引入不确定性: ...
个人分类: 生活点滴|7393 次阅读|2 个评论
WinBUGS的内部算法(更新)
热度 1 储诚进 2009-3-17 08:55
BUGS的全称是Bayesian Inference Using Gibbs Sampling,包括WinBUGS, OpenBUGS; 以及JAGS(Just another Gibbs Sampler),都是通过Gibbs算法来完成内部模拟的。单从名字上看,很容易让人误解为仅仅限于Gibbs。我们知道,Gibbs取样器是一个直接取样方法(direct sampling),即只是适用于那些可以figure out条件后验分布的情 ...
个人分类: 生活点滴|7658 次阅读|4 个评论 热度 1
贝叶斯分析在生态学中应用
储诚进 2009-3-13 11:06
贝叶斯分析,对于生态学科来说,基本上还算是一个新鲜的东西。众所周知的,统计领域基本上可以分为两派:一是频度统计学(我们平时用的最多的,点估计、区间估计、假说检验,显著性的特点是有 P 值);另一种就是贝叶斯统计。两种方法各有优缺点。先验概率既是贝叶斯统计的优势,也是她被人诟病最多的地方。而实际上,抛开 ...
个人分类: 生活点滴|5274 次阅读|没有评论

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