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分享 HiCPro安装中的iced问题
卢锐 2019-6-24 12:55
HiCPro 是一款很好用的 Hi-C 数据比对软件,其安装、使用和解读,可参见我的另几篇博文: Hi-C 数据比对软件 HiCPro 的安装与使用 : http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html HiCPro 分析流程详解 : http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1185463.html ...
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分享 HiCPro分析流程详解
卢锐 2019-6-17 14:20
本篇接着上一篇《 HiCPro 的安装与使用 》,详细讲解 Hi-C 数据比对软件 HiCPro 的分析流程。 HiCPro 的安装与使用,请查看: http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html 3. HiCPro 分析流程 HiCPro 处理各步骤流程如下,总体来说可以分为两大部分,对应 ...
个人分类: Hi-C|399 次阅读|没有评论
分享 Hi-C数据比对软件HiCPro的安装与使用
卢锐 2019-5-31 14:16
1. 安装 目前最新版的是 2.11.1 版。注意:不要安装 2.10.1 版,新版本 2.11.1 版在 2.10.1 版上有重大更新, 2.10.1 版的 iced 无法自动编绎安装。升级版修复了这个重大 bug 。 wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz tar -xxvf v2.11.1.tar.gz # ...
个人分类: Hi-C|314 次阅读|没有评论
分享 Hi-C分型绝招之HapCUT
卢锐 2019-4-27 13:02
为什么要分型?在临床上,单体型 (Haplotype) 对器官移植时 Donor-host 匹配很关键;通过单体型上的分析也可以发现两个缺失变异是否来自同一个 Allele ,从而判定这些变异是否有害;此外,单体型还能反映出群体结构和进化历程。最近大量研究也发现,基因表达存在等位不平衡性 (Allelic imbalances) ,这可能预示 ...
个人分类: Hi-C|460 次阅读|没有评论
分享 MUMmer4的安装与使用
卢锐 2019-4-22 19:49
在目前的文章中,基因组共线性分析dotplot图几乎全部是用MUMmer或者LAST做的。相比对LAST,MUMmer生成的图似乎更加美观,特别是当fasta id比较长时,last-plot会省略一些id,而mummerplot会全部写出来。但是老实,说我一直用的LAST做共线性,因为MUMmer真心不好安装,坑太多了。不过今天花了大半天时间终于安装成功,记录 ...
个人分类: Genome|717 次阅读|没有评论
分享 HiCUP的使用以及结果解读
卢锐 2019-1-30 14:30
1. HiCUP 安装 HiCUP 需依赖 Perl , Bowtie/Bowtie2 , R 以及 Samtools 在官网 http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/hicup/ 下载最新版的 HiCUP ,例如目前的最新版是 v0.6.1 wget http://www.bioinformatics.babraham. ...
个人分类: Hi-C|778 次阅读|没有评论
分享 采用Stacks2分析RADseq数据[无参]
卢锐 2018-7-29 17:24
Stacks2 的安装: Stacks 目前最新版是 2.1 版。在安装前需用以下命令确认一下电脑上的 gcc 版本,因为 Stacks2.1 需要 gcc 4.9.0 及以上编译器。 gcc --version 如果 gcc 版本过低时可用以下方式升级: 参见 http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/ ,可以找到想要下载的 gcc 压缩包,以 g ...
个人分类: Reseq|1848 次阅读|没有评论
分享 使用Biopython解析Blast结果
卢锐 2018-7-19 15:57
同一个比对结果: format 0: format 6: format 5: 第 1 种格式适合人看,机器识别起来较困难,第 6 种(或第 7 种)格式使用也较多,但是遗憾的是信息不全。第 5 种格式是标准的 XML 格式,人看起来不方便,但机器似乎很喜欢识别这种格式,这篇博文重点使用 Bio.Blast.NCBIXML ...
个人分类: Metagenomics|1538 次阅读|没有评论
分享 Nanopore basecalling之Albacore
卢锐 2018-7-17 13:19
使用 Nanopore MinION 测序,当电脑跟不上时(如果采用笔记本来测,建议价格在1w以上的),测序会断掉。这时如果保留有 fast5 文件,还可以救——手动 basecalling 。 目前,做 basecalling 的软件有 ONT 官方提供的 Albacore,Nanonet,Guppy 和 Scrappie ,以及非官方的 N ...
个人分类: Nanopore|2593 次阅读|没有评论
分享 比对算法的原理及代码实现
卢锐 2018-5-4 15:28
这篇博文以简化的 Needleman-Wunsch 比对算法为例详解比对算法的原理及代码实现。 Needleman-Wunsch 算法是最著名的全局比对算法,在此基础上形成的 Smith-Waterman 算法是最著名的局部比对算法,虽然两者都非常巧妙,但基本原理和代码相差不大,这里仅讲解 Needleman-Wunsch 算法 。 ...
个人分类: BioIT|2238 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2019-6-25 19:44

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