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分享 HiCPro接CscoreTools检测Compartment
卢锐 2019-9-11 13:22
自 2009 年 Lieberman 及其合作者发明 Hi-C 技术至今, Hi-C 互作分析中 Compartmant 的主流检测方法一直是基于 PCA 降维后,用第一维度 ( 通常用第一维度 ) 来区分 A/B compartment 。直到 2018 年有了一个新的方法,基于 Cscore ,它也是本文主要讨论的对象。 按照套路, Cscore 文章 ...
个人分类: Hi-C|361 次阅读|没有评论
分享 HiCPro统计结果解读
卢锐 2019-9-2 13:25
这篇博文是在我之前写的 《HiCPro 的安装与使用》 以及 《HiCPro 分析流程详解》 的基础上对统计结果进行解读。 因为博文过 24h 后无法再修改,这里先对 《 HiCPro 的安装与使用》 中多线性的问题做一点补充: 在 config-hicpro.txt 文件中有个 N_CPU ,它表示单端比对时调用的 b ...
个人分类: Hi-C|388 次阅读|没有评论
分享 隐马尔科夫模型简介(四)
卢锐 2019-8-8 22:19
本文接上一篇,继续探讨隐马尔科夫模型三个基本问题中最后一个问题,也是最复杂的一个问题。在此之前还是欢迎主角 HMM 登场! 3. 隐马尔科夫模型的三个基本问题 Problem 3. 学习问题 ( Learning Problem) 已知观测序列 O=( o 0 , o 1 , o 2 , o 3 , …, o T-1 ) ,需通过调 ...
个人分类: Algorithm|564 次阅读|没有评论
分享 EM算法(期望最大化算法)简介
卢锐 2019-8-1 00:12
和 HMM 简介一样(有关 HMM ,隐马尔科夫模型的简介,请参见我的另一篇博文 http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1188964.html ),我们还是通过一个例子引入 EM 算法 (Expectation Maximization Algorithm) 1. 一个经典例子 我们有两枚硬币 (coin A coin B) ,这两枚硬币是用特 ...
个人分类: Algorithm|1147 次阅读|没有评论
分享 隐马尔科夫模型简介(三)
卢锐 2019-7-15 20:33
本篇继续讨论隐马尔科夫模型的第二个基本问题——解码问题 在讨论之前,还是欢迎我们的主角——隐马尔科夫模型 (HMM) 出场! Problem 2. 解码问题 ( Decoding Problem) 已知 HMM 模型λ =(A, B, π ) ,以及观测序列 O ,求最可能的状态序列。 之前的博文 http://blog ...
个人分类: Algorithm|426 次阅读|没有评论
分享 隐马尔科夫模型简介(二)
卢锐 2019-7-15 20:21
本文接上篇继续讨论隐马尔科夫模型,上篇详见: http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1188964.html 在讨论之前,欢迎我们的主角——隐马尔科夫模型 (HMM) 出场! 本篇主要探讨隐马尔科夫模型三个基本问题中的第一个问题,后续还会接着讨论另外的两个,敬请关注 3. 隐马尔科夫模型的三个基 ...
个人分类: Algorithm|444 次阅读|没有评论
分享 隐马尔科夫模型简介(一)
卢锐 2019-7-10 18:43
1. 一个简单的例子 假设我们想知道某个固定的地区一些年来的平均年平均气温。为了让这个问题变得有趣,我们假设我们关注的这些年份是在温度计发明之前的遥远过去。我们不能回到过去,所以需要寻找与温度相关的非直接证据。 为了简化问题,仅会考虑两种年平均温度, hot 和 cold 。假设现代的 ...
个人分类: Algorithm|853 次阅读|没有评论
分享 HiCPro安装中的iced问题
卢锐 2019-6-24 12:55
HiCPro 是一款很好用的 Hi-C 数据比对软件,其安装、使用和解读,可参见我的另几篇博文: Hi-C 数据比对软件 HiCPro 的安装与使用 : http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html HiCPro 分析流程详解 : http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1185463.html ...
个人分类: Hi-C|530 次阅读|没有评论
分享 HiCPro分析流程详解
卢锐 2019-6-17 14:20
本篇接着上一篇《 HiCPro 的安装与使用 》,详细讲解 Hi-C 数据比对软件 HiCPro 的分析流程。 HiCPro 的安装与使用,请查看: http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html 3. HiCPro 分析流程 HiCPro 处理各步骤流程如下,总体来说可以分为两大部分,对应 ...
个人分类: Hi-C|1385 次阅读|没有评论
分享 Hi-C数据比对软件HiCPro的安装与使用
卢锐 2019-5-31 14:16
1. 安装 目前最新版的是 2.11.1 版。注意:不要安装 2.10.1 版,新版本 2.11.1 版在 2.10.1 版上有重大更新, 2.10.1 版的 iced 无法自动编绎安装。升级版修复了这个重大 bug 。 wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz tar -xxvf v2.11.1.tar.gz # ...
个人分类: Hi-C|1205 次阅读|没有评论

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