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Cytoscape3.8的安装

已有 835 次阅读 2021-7-21 10:20 |个人分类:BioIT|系统分类:科研笔记

目前最新版为Cytoscape_3_8_2,安装如下:

按照要求Cytoscape_3_8_2_windows_64bit.exe必须安装java8。先从java官网下载到最新的jre-8u291-windows-x64.exe。安装完java后,再直接运行Cytoscape安装时会报错如下:

虽然用Locate将其定位到java安装目录

但是依然会有报错:

 

后来发现Cytoscape官网提供了一下安装环境检测工具:

进入https://cytoscape.org/troubleshooting.html


右键点击Download for Windows,并保存,这个文件默认保存名为windows.bat。双击windows.bat,运行如下:

它表示需要安装java version 11,这个是OpenJDK的版本。因此按照它的提示,进入提供的网址:https://adoptopenjdk.net/?variant=openjdk11

点击latest release下载,并安装,一路确认即可。默认安装路径为

C:\Program Files\AdoptOpenJDK

 

安装openjdk11后,再安装Cytoscape。这时候因为没有JAVA_HOME,还是会出现

但是不要紧,这次点击Locate,指点JRE的路径为:

C:\Program Files\AdoptOpenJDK\jdk-11.0.11.9-hotspot\bin\java.exe

指定完就可以正常安装Cytoscape了。安装完打开,界面如下




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